崇祯五年(1632),命令他和他的同事吕直监督各将领的部队,到
登州征讨
孔有德。
崇祯六年(1633),班师回朝。当时农民起义军的势力发展得很快,
崇祯帝命太监陈大全、阎思印、谢文举、孙茂霖等为内中军,分别派入大帅
曹文诏、
左良玉、张应昌各个营,名为监军;在边境各镇的,全部命名为监视。高起潜被分配监视宁远、
锦州各部队。后来这些太监多数都是侵吞克扣
军用物资,而面对敌人则往往带着精兵率先逃跑;各将领亦感到受他们的监督是一种耻辱,因此全都没有功劳。
崇祯九年(1636)七月,再次派遣太监
李国辅、许进忠等分守紫荆、倒马各关,孙惟武、刘元斌防守马水河。当时
兵部尚书张凤翼外出指挥增援军队,
宣府、大同总督
梁廷栋亦领兵南下,并特别命令高起潜为总监,给他三万金,一千个赏
功牌;由司礼太监张云汉、
韩赞周辅助他。但是高起潜并没有真正打过一仗,只是把死人的头割下来冒认功劳罢了。
崇祯十一年(1638年)冬,清兵大蹂畿辅,连下四十三城。高起潜拥重兵驻扎在
临清,按兵不动。清兵逼近京城,崇祯帝召兵部
左侍郎卢象升入卫。当时卢象升父亲去世,崇祯帝不准奔丧,提升他为兵部尚书,赐给
尚方剑,让他总督各路援兵。但是,另一兵部尚书
杨嗣昌和高起潜却主张议和,所以对卢象升处处阻挠,以致卢象升虽名为总督各路兵马,实际上能调度的不到两万人。后来
杨嗣昌干脆免了他的尚书,让他以侍郎的身份工作。十二月,卢象升进兵
巨鹿贾庄,高起潜拥重兵在
鸡泽,两地相距只有五十里,卢象升派人前往求援,高起潜置之不理。卢象升部炮已用尽,箭亦射完,以致全军覆没。卢象升斩杀数十人,身中四箭三刀而死。高起潜听说战败,仓皇逃跑,一点不提卢象升战死的情况。
次年,清兵南下入山东,攻破济南,俘明德王
朱由枢。然后清兵由山东回师出塞,明军皆尾随不敢击,这次出塞,清兵俘汉人四十六万余,获白金百余万,满载而归。
崇祯帝提升
孙传庭为
兵部右侍郎兼
右佥都御史,代卢象升总督各路
军马。但
孙传庭与杨嗣昌、高起潜意见亦不一,以至崇祯帝降旨责备他,他率部到了京师外面,都不准他进入。