朱元璋以
应天、开封为南京、北京，以
临濠为中都。有监察御史胡子祺上书，以为“据百二河山之险，可以耸诸侯之望，举天下形胜所在，莫如关中。”元璋为之心动，但不形言表。便于洪武二十四年（1391）八月十一日命太子朱标巡抚陕西。他告谕道：“天下山川，惟秦中号为险固，向命汝弟分封其地，已十余年，汝可一游，以省观风俗，慰劳秦民。”于是择文武之臣扈从，皆给道里费。既行，元璋复谕；比来一旬，久阴不雨，占有阴谋，宜慎举动，严宿卫，施仁布惠，以回天意。”仍申谕从行诸臣以行止报闻。十一月还京，献《陕西地图》。
巡抚始此，但尚未成为官名。续封皇子十人为藩王。阿资又起兵反明。天下郡县赋役黄册成，计户一千六十八万四千四百三十五、丁五千六百七十七万四千五百六十一。是年河决原武，东经开封城北，又东南经项城（以上在河南）、颖上（今属安徽）等地，至
寿州正阳镇入淮，元贾鲁河淤塞；又从曹、郓漫东平之安山，元会通河亦淤塞。
洪武二十四年 （1391）七月十五日，礼部奏：原规定，
岁贡生员中式者，送国子监，不中者罪有司，停学官俸，生员罚为吏；今不中者遣还读书，有司、教官罚如旧制。因此，生员不率教者，无以劝惩。，朱元璋命更定其制：不中者，有司官任及三年论如例，二年者停俸半年，一年者停俸三月；学官无分久近，罚如例；生员，廪食五年者为吏，不及者遣还读书，次年复不中者，虽未及五年，亦罚为吏。
洪武二十三年 （1390）五月二十三日，
朱元璋以善长与
胡惟庸通谋反叛罪，逼其自杀。第二年，户部郎中王国用（一说御史
解缙代草）上书为善长诉冤。他在书中说；“善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官。人臣之分极矣。借令自图不轨，尚未可知。而今谓其欲佐
胡惟庸者，则大谬不然。人情爱其子，必甚于兄弟之子；安享万全之富贵者，必不侥幸万一之富贵。善长与惟庸，犹子之亲耳，于陛下则亲子女也。使善长佐惟庸成，不过勋臣第一而已，太师、国公、封王而已，尚主、纳妃而已，宁复有加于今日？且善长岂不知天下之不可幸取。当元之李，欲为此者何限，莫不身为斋粉，覆宗绝祀，能保首领者几何人哉?善长胡乃身见之，而以衰倦之年身蹈之也。凡为此者，必有深仇激变，大不得已，父子之间或求相挟以求脱祸。今善长之子祺备陛下骨肉亲，无纤芥嫌，何苦而忽为此。若谓天象告变，大臣当灾，杀之以应天象，则尤不可。臣恐天下闻之，谓功如善长且如此，四方因之解体也。今善长已死，言之无益，所愿陛下作戒将来耳。”其时
大理寺卿陈辉亦上疏，如国用言。
朱元璋皆不治其罪。
洪武二十四年（1391）七月十五日，
朱元璋告谕工部臣说：昔汉高祖徙天下豪富于关中，我初不取。今天思之，京师天下根本，乃知事有当然，不得不那样做。我今欲令富民入京师，你们当令有司验丁产殷富的，分遣其来。于是，工部徙天下富民至京师的共五千三百户。
洪武二十四年（1391）六月初二日，朱元璋命礼部清理释、道二教。规定：自今天下僧、道，凡各府、州、县寺观虽多，但存其宽大可容众者一所，并而居之，勿杂处于外，与民相混，违者治以重罪。亲故相隐者，流；愿还俗者，听。其佛经翻译已定者，不许增减词语。道士设斋醮，亦不许拜奏青词。为孝子慈孙演诵经典报祖父母者，各遵颁降科仪，勿妄立条章，多索民财。及民有效瑜珈教称为善友，假张真人名私造符篆者，皆治以重罪。七月初一日，
朱元璋下诏：天下僧、道有创立庵堂寺观非旧额者悉毁。
青文胜任龙阳典史。因龙阳濒于洞庭湖，数罹水患，庄稼被淹，致使拖欠赋税数十万石。可是，上司摧粮颇急，
敲扑致死相踵。文胜慨然赴京师为民请命，一连数奏，均如石沉大海，便仰天长叹：“有何面目归见龙阳父老！”又于洪武二十四年（1391）七月具奏击
登闻鼓以进，遂自经于登闻鼓之下。
朱元璋得知大惊，悯其为民杀身，下诏宽免龙阳租二万四千余石，定为额。龙阳百姓为文胜建祠祭祀。妻子贫不能归，给公田百亩以养。
其初，
哈梅里请以马互市于延安、绥德、
平凉、宁夏等卫。
朱元璋告谕守将说：“番人黠而多诈，互市之求，安知非藉以觇我!利其马而不虞其害，所丧必多，宜勿听。”时西域、回纥来贡，多被
哈梅里阻遏：有从他道而来的，
哈梅里又遣兵邀杀。
朱元璋大怒，遂于洪武二十四年（1391）八月二十一日，遣刘真偕
宋晟率兵征讨。刘真自
凉州西入哈梅里之境，乘夜直抵城下，四面包围，
知院岳山投降。黎明，
兀纳失里驱马三百余匹突围而出，官军争取其马，兀纳失里率家属随马后逃遁。刘真等遂拔其城，斩幽王、国公等一千四百人，获王子及部属一千七百二十人，马六百三十匹。逾年，
兀纳失里遣使贡马、骡请罪。
朱元璋宥其罪。
京师辐辏，军民居室，皆官所给，连廓栉比，无复隙地。商人货物至京，或止于舟，或贮于城外民居。驵侩之徒，从而持其价高低，悉听断于彼，商人为其所苦。
朱元璋知其情，遂命工部于三山等门外濒水处，为屋数十楹，名为塌坊。商人将货物贮于其中，纳税毕，即可自相贸易，驵侩无法干预渔利，商人称便。洪武二十四年（1391）所司于贫民负贩，亦令其入塌坊纳税，
应天府尹高守礼以奏。
朱元璋于同年八月二十七日下诏：京师小民负贩勿入塌坊。贫民负贩欢悦。
洪武二十四年（1391）十月十二日，时任江西南丰县典史的冯坚，上《言九事疏》。疏中说：一、养圣躬。请清心省事，不与细务，以为民社之福。二、择老成。诸王年方壮盛，左右辅导，愿择取老成之臣，出为王官，使得直言正色，以图匡救。三、攘要荒。请务农讲武，屯戍边圉，以备不虞。四、励有司。请得廉正有守之士，任以方面，旌别属吏以闻而黜陟。五、褒祀典。请敕有司采历代忠烈诸臣，追加封谥，俾有兴劝。六、省宦寺。晨夕密迩，其盲易入，养成祸患而不自知，裁去冗员，庶防其渐。七、易边将。假以兵柄，久在边陲，易滋纵佚，请时迁岁调，不使久居其任，不惟保全勋臣，实可防将骄卒惰，内轻外重之弊。八、访吏治。廉干之才，或为上官所忌，僚吏所嫉，上不加察，非激劝之道，请广布耳目，访察廉贪，以明黜陟。九、增关防。诸司以帖委胥吏，俾督所部，辄加捶楚，害及于民，请增置勘合，以付诸司填写差遣，事讫交报，庶有司不轻发以病民，而庶务亦不致旷废。”
朱元璋览疏，称其知时务、达事变。遂命吏部擢为
都察院左佥都御史。而冯坚在
都察院，颇持大体。次年卒于官。