2006赛季中国足球协会超级联赛是中国足球协会举行的第三届中国足球超级联赛，该赛季联赛于2006年3月11日开始，至10月22日结束。

2006赛季中国足球协会超级联赛共由15支球队组成，采取双循环赛制（每支球队分别以主、客场身份和其他球队交锋两次）。单场比赛积分计算方法是胜者得3分、负者得0分、平局则双方各得1分，2006赛季末按累计积分高低排名，同分则依次按照净胜球，进球数和相关赛事综合积分四项指标排列名次。

（一）每队胜一场得3分，平一场得1分，负一场得0分；

（二）联赛结束，积分多的队名次列前；

（三）如果两队或两队以上积分相等，依下列顺序排列名次：

1、积分相等队之间相互比赛积分多者，名次列前；

2、积分相等队之间相互比赛净胜球多者，名次列前；

3、积分相等队之间相互比赛进球数多者，名次列前；

4、积分相等队在当年中超联赛全部比赛中净胜球多者，名次列前；

5、积分相等队在当年中超联赛全部比赛中进球数多者，名次列前；

6、以抽签或附加赛的办法决定名次。

如涉及联赛冠军、联赛升降级时，以上1至3项均相等的球队，则将以附加赛的办法决定名次。

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2006年3月3日，2006赛季中国足球协会超级联赛赛程正式公布，第一轮比赛在3月11日正式开打，对阵双方是青岛中能足球俱乐部主场迎战北京国安足球俱乐部，大连实德足球俱乐部在首轮轮空。

2006年4月19日，重庆力帆足球俱乐部在第8轮的比赛中主场0-1不敌沈阳金德足球俱乐部，遭遇球队历史上的又一个6连败，排名积分榜榜尾，成为该赛季降级的最大热门。

2006年8月27日，2006赛季中国足球协会超级联赛第24轮，山东鲁能主场迎战北京国安。山东鲁能凭借韩鹏的进球，1-0击败北京国安，24轮过后积60分超过第二名的长春亚泰20分，提前六轮获得联赛冠军。

2006年10月22日，2006赛季中国足球协会超级联赛迎来了收官战，上海申花足球俱乐部客场2-1击败了辽宁葫芦岛港足球俱乐部，而北京国安客场不敌厦门蓝狮。上海申花成为了2006赛季联赛的亚军。山东鲁能以69分打破了以往大连实德2005赛季保持65分联赛最高积分纪录。

2006年10月29日，2006赛季中国足球协会超级联赛颁奖仪式在济南体育中心进行。

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开幕式

2006赛季中国足球协会超级联赛开幕式的特点是突出陕西特色和黄土风韵，开幕式上有威风锣鼓、兵马俑阵、军乐队行进表演等能体现陕西和西安文化底蕴的演出。

2006年3月14日，中国足球协会公布了2006赛季修改的《联赛纪律处罚办法》。除了对以前规定的违纪行为明确处罚条款外，最重要的一点变化是：罢赛、退赛的球队将直接被取消注册权。

2006年4月19日，重庆力帆足球俱乐部正式宣布主教练乔尔达斯下课。