2016年中国足协杯资格赛于2016年1月8日-10日在广东佛山进行，比赛将采用赛会制形式，16支球队共分4个小组，小组赛以单循环方式进行，每小组的前2名出线。根据规程，2016年中国足协杯资格赛参赛队在中国足协注册、在当地工商部门或民政部门注册、已备案的2015年度会员协会组织的业余比赛前四名球队，2015年中国足协杯正赛进入第3轮的业余球队直接报名，承办赛区一支代表队。从资格赛轮出线的8支球队连同2015年中国足球协会业余联赛排名前12名球队、中乙12支球队进行第一轮比赛。