2021横琴马拉松赛事规模为12000人，其中马拉松3000人，半程马拉松6000人，迷你马拉松3000人。参赛人员仅接受来自低风险地区的中国内地公民及澳门本地居民报名。若报名成功后至比赛日开始前的期间，参赛者所处地区的新冠疫情风险指数由低风险上升为中、高风险地区，组委会将取消其参赛资格并退还报名费。
2021横琴马拉松的起终点是新落成的横琴金融岛中央公园，大部分沿用去年的经典赛道，从横琴金融岛出发，途经横琴口岸、
澳门大学、澳门青年创业谷、横琴国际网球中心、创新方、天沐河、粤澳合作中医药科技产业园、星乐度乐园、芒洲湿地、花海长廊等横琴地标性建筑和景点，全方位展示横琴粤澳深度合作区的多样生态和日新月异的发展面貌。