真核生物的5S rRNA基因与其它三种rRNA基因不在同一条染色体上，它是由核仁以外的染色体
基因转录的，然后运输到核仁内参与核糖体的装配。5S rRNA基因的数量比45S rRNA转录单位多,人的5S rRNA基因有500个拷贝,并且在染色体上串连排列。
非洲爪蟾的5S rRNA基因的一个重复单位含有一个5S rRNA基因、一个不转录的假基因(101bp的5S rRNA基因的片段),每个重复单位间被不转录的间隔序列隔开,间隔序列的长度变化不定,最长达400bp；5S rRNA基因转录的速度很快,其结果产生过量的5S rRNA,有些最后要被降解掉。
5S rRNA基因是由
RNA聚合酶Ⅲ转录的，原初转录物的5'端与成熟的5S rRNA的5'端完全相同。在某些生物中，3'端通常含有多余的核苷酸，在加工时要被切除。所以,5S rRNA只需要进行简单的加工,或者根本不需要进行加工。