中菲南海问题双边磋商机制（BCM），是为了解决中菲南海问题建立的双边磋商机制。

根据2016年10月发布的《中华人民共和国与菲律宾共和国联合声明》，双方同意继续商谈建立信任措施，提升互信和信心，并承诺在南海采取行动方面保持自我克制，以免使争议复杂化、扩大化和影响和平与稳定。鉴此，在作为其它机制的补充、不损及其他机制基础上，建立一个双边磋商机制是有益的，双方可就涉及南海的各自当前及其他关切进行定期磋商。双方同意探讨在其他领域开展合作。在2017年1月中菲两国外交部举行的外交磋商上，双方决定建立该机制，并就其《职责范围》初步达成一致。

第一次

2017年5月19日下午，中国-菲律宾南海问题双边磋商机制第一次会议在贵州省贵阳市举行，宣布双方的这一机制正式启动。中国外交部副部长刘振民和菲律宾驻华大使罗马纳，分别率中菲两国政府代表团出席会议。双方重申，将致力于就南海问题开展合作，探索加强双方互信和信心的方法。

第二次

2018年2月13日，中国—菲律宾南海问题双边磋商机制第二次会议在菲律宾马尼拉举行。中国外交部副部长孔铉佑和菲律宾外交部主管政策的副部长马纳罗分别率团与会。双方强调此次会议十分重要，磋商机制有利于促进双边关系稳定发展。

第三次

2018年10月18日，中国-菲律宾南海问题双边磋商机制(BCM)第三次会议在北京举行。中国外交部副部长孔铉佑与菲律宾外交部副部长马纳罗分别率团出席，双方代表团由两国外交部和相关部门相应官员组成。双方认为，BCM机制作为双方定期的密切对话平台，在促进双边关系稳定发展上发挥了重要作用。双方通过这一渠道处理分歧，防止并妥善管控海上意外事件，并不断增进海上对话与合作。

第四次

2019年4月3日，中国－菲律宾南海问题双边磋商机制第四次会议在菲律宾马尼拉举行。中国外交部副部长孔铉佑和菲律宾外交部部长助理兼亚太司司长蒙特格雷分别率团出席。双方代表团由两国外交部和相关部门相应官员组成。

第五次

2019年10月28日，中华人民共和国和菲律宾共和国南海问题双边磋商机制（BCM）第五次会议在北京举行。中国外交部副部长罗照辉和菲律宾外交部主管政策的副部长马纳罗分别率团出席。双方代表团由两国外交部和相关涉海部门官员组成。

第六次

2021年5月21日，外交部部长助理吴江浩和菲律宾副外长伊丽莎白以视频方式共同主持召开中国—菲律宾南海问题双边磋商机制（BCM）第六次会议。中菲两国外交、国防、自然资源、生态环境、交通运输、农业、能源、海警等部门代表出席会议。会议期间还举行了BCM下设的政治安全事务、渔业事务、海洋科研与环保三个工作组会议。

第七次

2023年3月24日，外交部副部长孙卫东在马尼拉同菲律宾副外长拉扎罗共同主持召开中国—菲律宾南海问题双边磋商机制（BCM）第七次会议。这次会议是疫情以来中菲双方首次举行面对面BCM磋商，旨在落实两国元首就涉海问题达成的重要共识。

第八次

2024年1月17日，外交部部长助理农融在上海同菲律宾外交部副部长拉扎罗共同主持召开中菲南海问题双边磋商机制(BCM)第八次会议。

第九次

2024年7月2日，外交部副部长陈晓东同菲律宾外交部副部长拉扎罗在马尼拉共同主持召开中菲南海问题双边磋商机制（BCM）第九次会议。

2024年9月11日，外交部副部长陈晓东同菲律宾外交部副部长拉扎罗在北京共同举行中菲南海问题双边磋商机制（BCM）团长会晤。