FASTA
搜索程序
FASTA程序是第一个广泛使用的数据库相似性搜索程序。在2.0版本中对每一个检索的比对都提供一个统计学显著性的评估。
程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜索。但众所周知,使用这种策略会非常耗费工作时,为了提高速度,在实施耗时的最佳搜索之前,程序使用已知的字串检索出可能的匹配。在速度和敏感度之间权衡选择依赖于ktup参数。它决定了字串的大小。增大ktup参数就会减少字串命中的数目,也就会减少所需要的最佳搜索的数目和搜索的速度。
从2.0版本开始,FASTA对每一个检索的比对都提供一个统计学显著性的评估。
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最新修订时间:2024-08-06 11:18
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