ISSR标记是一种在简单重复序YU(SSR)基础上发展起来的新型的分子标记，由
加拿大蒙特利尔大学的Zietkiewicz等(1994)提出。
该技术以锚定的微卫星
DNA为引物，在SSR序列的3’或5’端加锚2．4个随机核苷酸，在PCR
反应中，锚定引物可以引起特定位点退火，
导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片段进行PCR扩增。所扩增的Inter．SSR区域的多个条带可通过
聚丙烯酰胺凝胶电泳或者
琼脂糖凝胶电泳得以分辨(周延清，2005)。它结合RAPD标记技术幂HSSR标记技术的优点，
能够提供更多的基因组DNA信息。现己广泛应用于药用植物种质资源鉴定、
进化与亲缘关系分析、遗传多样性与居群遗传结构检测、
遗传作图、基因定位、
分子标记辅助育种等方面的研究。
ISSR标记技术试验操作简单、快速、高效，不需要繁琐的构建基因文库、杂交和同位素显示等步骤；重复序列和锚定碱基的选择是随机的，无需知道任何靶标序列的SSR背景信息，从而降低了技术难度和实验成本；无需活材料，无组织器官特异性，能实现全基因组无编码取样：采用了较长的引物(17。24bp)，退火温度较高，因此，引物具有更强的专一性，增强了实验可重复性。ISSR标记的缺点就是，在PCR扩增时需要一定时间摸索最适反应条件；呈显性遗传标记，不能区分显性纯合基因型和杂合基因型。