MS拥有很强的作战能力，一年战争中期一些特种作战用MS被开发了出来。MS-06E就是为了自护军侦察部队的需要而设计出来的特种作战用MS，它是从C型和F型改进过来的，这在另一方面证明了MS-06系优秀的泛用性。MS-06E总生产量大约是100架。
MS-06E的装甲对比起MS-06F来说
薄弱了很多，它的作战目的并不需要它与敌人的MS进行正面交火，因此测试进行时还不断收到撤除装甲的要求。同时，机体在多个部位（包括胸部）加装了发动机喷口，使用的是原本使用在MS-06S上的大
推力火箭发动机，这使机体的机动性能有非常大的提高。机体内部设计进行了调整，增加了10%的燃料装载量，以提高机体的持续作战能力。
这台机体最大的作战任务是侦察敌方行动，因此设计者在这些方面的出力也最多。机体头部的单眼式探测器被换成了大口径高精度摄像机，双肩排除了装甲后各装上一台摄像机，甚至在胯当部位亦加装了一台摄像机。机体本身没有武装，作为代替，MS-06E使用CE-16 TX型手枪型摄像机。由于执行的是特种任务，它的涂装亦与其他MS不同，采用深灰色和藏青色为主色，以期减少被发现的机会。另外机体装备了紧急逃脱舱。
MS-06E总生产量大约是100架。当它被敌人
发现时，只能用它强大的机动力来逃跑了。当然，设计者也给予本机保留了电热斧和Ms用手榴弹，作为被逼入绝境时的自卫武器。
另外，本机还有型号为MS-06E-3的衍生型机体。06E-3的头部摄像机采用了三合一设计，背部装备了新开发的复合探知设备，侦察能力大大上升。射出前，复合探知设备的机翼向上、向后折起；射出后，到达作战区域时增速用火箭点火，机翼打开，以高速侵入目的地，获取情报。此机种主要从属于外洋舰队的特殊侦察小队，从事对联邦军设施的侦察任务。本机总计生产了16架。