MS-06FZ是一年战争末期吉恩军在实施了MS生产改进方案——“统合整备计划”后生产出的MS-06F型改良型机体。由于MS-06F的部件可以与新型机种通用，因此获得了高水平的生产性与稳定性。

079年2月，在《南极条约》签订之后，时任少校的马·克贝在观摩了种种正预备开发或者入役的MS后，作出了总结并提出《统合整备计划》，意在统一MS的部件、耗材、驾驶舱操作甚至乎生产线的规格，这样可以使驾驶员的机种转换训练时间大大缩短，并且统合的OS将会为学生兵等预备役人员提升MS运用效率。但由于当时吉恩方面还是以MS-05B扎古Ⅰ（后期生产型）、MS-06F扎古Ⅱ系列MS为主，其本身零件的通用性、组装余度、操作方式以及感觉等等没有太大区别，后勤也能满足需要，致使《统合整备计划》被搁置。

然而，到了大战末期，勇士系列在MS-14A勇士正式量产之后，随同的学生兵也开始进行新型MS的相关训练。可是一旦要使用到老式机体例如扎古系列等，其操纵系统的差别又让这些新兵蛋子无所适从。此时，《统合整备计划》再度被呈交，经过升任上校的马·克贝大力游说以及统帅府高层反复磋商，最终决定将吉恩公国的主力MS都纳入计划中去。其成果中，便有以代替标准型MS-06F扎古Ⅱ为目标的MS-06FZ 扎古Ⅱ改（ZakuⅡ Kai）。

扎古Ⅱ改改进了驾驶舱，增强了助推器，从而获得了比扎古Ⅱ更灵活的运动性。机体头部取消了原有感测器轨道两侧的加强杆，并且收窄轨道，减少被弹率。“嘴”部散热窗不再使用百叶设计，直接使用一个喷泵提高其工作效能以及减少繁琐的安装。此外，该型机出现了一种名为B型的头部上半装甲罩，外观类似纳粹德国时期采用的钢盔，一般也称其为“弗利兹头盔（Flitz Helmet）”。按照需要，两型装甲罩均可以按照传统安装角型天线，成为指挥官机。

躯干胸部新设了两个散热窗，使得驱动性能也得到了提升。驾驶舱区块舍弃了旧式的T字型设计，使用类似联邦军的棱角区块，内装吉翁第二代标准型操纵系统。背包安装3个新型的火箭引擎，其单个推进力达到了惊人的24500kg。

手臂组件几乎都经过重新设计，手掌更换成统合整备计划的标准样式。这种手掌的指尖安装了合成橡胶以增加摩擦力。前臂肘部装多一层护甲，附带的4枚短刺钉，增加了格斗能力。左臂肩部球形装甲也内装两个制动喷嘴。脚部单元沿袭了MS-06F2 扎古Ⅱ后期型的设计，将侧面辅助推进引擎换装为更大功率的样式，小腿肚后方的引擎也加装了整流板。脚掌前方加装两个抓趾，提高地面适应性。

该型机所使用的武器则为吉翁制式的MS用武装，如MMP-80 Ver.8或更后期型的90mm机关炮，和作为扎古系列标配的电热斧等武装。

由于该型机的推进剂容量维持不变，但数量增加到12个的喷嘴和大推力引擎大幅增加了燃料消耗，这也使该型机的战斗时间比F型缩短了一半左右。

在驾驶过该型机的机师中最为人们所熟知的并不是那些王牌机师，而是“红宝石行动”中，在不知对方身份的情况下与心上人搏杀，最后英勇牺牲的巴纳德·瓦兹曼伍长。在0079年的圣诞节当天，巴纳德驾驶该型机，利用种种诡雷以及舍身攻击，最终使得联邦军最新锐的RX-78NT-1高达NT-1中破并无法交付军队。

另有资料显示，大战最后时期吉恩SIDE本土的首都防卫大队“吉恩之盾”将其列为标准装备，并且大部分机型都是B型头部。可在0079年最后2日展开了武装叛乱，一度造成了兹姆市的恐慌。而直到0096年，吉翁残党攻击特林顿基地时，也有B型的该型机参展的身影。