Mozilla 基金会在2003年7月15日正式成立，它的目标是保证 Mozilla 可以在没有网景以后能继续生存下去。

1998年2月23日，网景公司建立了Mozilla Organization（Mozilla组织），让它来协调Mozilla Application Suite的开发。尽管基金会主要由网景公司的员工组成，但是理论上，它是独立于网景公司运作的。Mozilla组织声称他们主要开发用于测试目的的Mozilla浏览器，这个浏览器不适合直接为最终用户使用。这个举动导致了Beonex Communicator的成立，这个组织提供最终用户适用的版本（但是，大多数用户还是直接去下载“官方”的Mozilla套件）。

当美国在线（AOL，网景母公司）完全地从Mozilla组织中撤出后，Mozilla基金会在2003年7月15日成立了，它的目的是保证Mozilla可以在没有网景以后能继续生存下去。美国在线帮助了Mozilla基金会的成立，它向基金会转移了硬件和知识产权，并且在最初的3个月里雇用了一个3人小组来帮助这次过渡。美国在线并且承诺在2年时间内捐助200万美元给基金会。

2023年12月14日消息，Mozilla推出名为Solo的全新项目，面向没有任何编程经验的用户，通过融入AI能力，所创建的网站可以媲美专业开发者的开发效果。

在2005年8月3日，Mozilla基金会建立了一个完全拥有的子公司叫Mozilla公司来继续开发和发布Mozilla Firefox和Mozilla Thunderbird。Mozilla公司承担软件发行的计划，市场和一些软件分发相关的活动。它也处理一些商业合作，很多这些合作都带来收入。不像Mozilla基金会，Mozilla公司是一个应税实体，这给它在追逐收益以及其他商业活动带来了更多自由。

Mozilla基金会的董事会有7个成员

本来Christopher Blizzard是在董事会里面的，但是后来Mozilla公司成立的时候，他去了Mozilla公司董事会，Joichi Ito就接替他加入了Mozilla基金会的董事会。Bob Lisbonne和Carl Malamud于2006年10月入选董事会。

基金会还有一些雇员，他们主要负责项目和政策相关：

Mozilla公司还有一些员工，在公司成立前为基金会服务的。

Mozilla的项目通常受一个Mozilla.org的委员会管理，这个委员会的成员后来一般都成了公司董事会成员或者公司员工。

在最初阶段，Mozilla基金会开始涉足比mozilla.org更广的领域，把以前推给网景和Mozilla合作伙伴的事情都拿来做了。在朝“面向最终用户”的转型举动中，基金会和一些商业公司签约来售卖包含Mozilla软件的光盘并且提供电话支持服务。在这些举动中，基金会选择了以前Netscape的供应商作为他们的选择。Mozilla基金会变得对自己的知识产权更加的自信，他们推出了自己商标使用的新政策。如市场拓展等的新项目也开始了。

随着Mozilla公司的成立，Mozilla基金会把所有的软件开发和商业相关的活动都转移给了这个新的下属机构。Mozilla基金会如今只专注于监管和战略等事宜，它也继续管理一些没有产品化的项目，比如Camino、SeaMonkey。拥有Mozilla商标和其他知识产权，并且全部授权Mozilla公司使用。基金会还控制着Mozilla的程序源代码库并且决定谁可以提交代码入库。

Mozilla基金会接受捐款，作为一个资金来源。在成立的时候，除了美国在线的200万美元捐款，Mitch Kapor也给了30万美元。基金会享有免税资格，下属机构Mozilla公司也是免税的。

基金会也和Google签订的协议，使用google搜索作为Firefox浏览器的默认搜索引擎。另外，一个Firefox风格的google搜索网站被定义为Firefox的默认主页。这个赞助协议的具体金额从来没有被公布过。

Mozilla欧洲、Mozilla日本和Mozilla中国是非营利组织，他们的目的是推广和普及Mozilla的产品和项目。他们是独立的机构，虽然和Mozilla基金会是相关联的。

Mozilla中国中心（Mozilla China Foundation）是由中国科学院软件研究所和Sun中国工程研究院共同发起，经Mozilla基金会（Mozilla Foundation）正式授权的非营利性机构。中心依托在中国科学院软件研究所。

Mozilla中国中心的宗旨是传播Mozilla基金会的文化，在中国地区推动Mozilla项目的发展，帮助中国地区的用户和开发者更好地使用Mozilla基金会提供的源代码、产品及服务。

Mozilla中国中心的主要任务包括：

（一） 对Mozilla 基金会的产品提供汉化版本。

（二） 对Mozilla 基金会网站的重要技术文件、政策性文件提供中文翻译。

（三） 组织Mozilla技术论坛及相关研讨会。

（四） 对中国地区用户提供技术支持和服务。

（五） 根据Mozilla 基金会的方针，在中国地区推动Mozilla项目的发展。

（六） 作为国内外交流与合作平台，发挥桥梁和纽带作用。

Mozilla中国中心设指导委员会、执行机构和技术委员会等决策、执行及支持机构。中国科学院软件研究所所长李明树博士和北京谋智网络技术有限公司总裁宫力博士担任中心指导委员会主任。

在2006年的时候，OpenBSD的de Raadt请求那些通过发行包含OpenSSH的软件盈利的公司，给OpenSSH提供赞助，Mozilla基金会立刻提供1万美元的赞助给de Raadt和OpenBSD用于OpenSSH的开发。这笔钱是通过和Google的合作而获得的收入。虽然当时这个赞助请求还发给了很多其他大公司，如思科、IBM、惠普和红帽公司（他们都销售了包含OpenSSH的操作系统，但是却从没提供过赞助）。

Mozilla基金会慷慨解囊，因为Mozilla基金会发现，如果没用OpenSSH，他们的很多员工就只能通过不安全的方法工作，所以基金会提供了赞助作为感谢。