PC-98推出于1982年，其初代产品9801使用一枚频率5MHz的
Intel 8086 CPU，搭配2枚NEC µPD7220显示控制器（一枚用于文字显示，专门处理英文和
日文字符；另一枚产生视频图形信号），出厂时装备128KB的内存（可扩展至640KB），该机可在640x400像素的分辨率下显示8色图像。随后于1983年推出8MHz的改进型9801E。第二代的9801（编号9801U）推出于1985年，采用了2硬盘+3.5寸
软盘的格局，并改为使用性能较8086更强大的日本国产CPU：NEC V30。1980年代末，新规格的9801改为采用更先进的
Intel 80286/386处理器。
在1980年代和1990年代初，PC-9801基本上垄断着日本微机市场，占有60%以上的市场份额，而当时风靡世界的
IBM PC及其兼容机却没有打进日本市场。这是因为1980年代的IBM PC及其搭配的
MS-DOS操作系统无法显示日文字符。1990年，IBM日本开发了能显示
日文的DOS/V系统；自此，PC-98在日本的垄断地位开始动摇。
到1995年，微软发布革命性的
Windows 95操作系统。
Win95平台的软件不再需要NEC制造的系统便可运行，通用性大大提高；而9801系列计算机因为图形装置（GPU）过于简单，不能安装及使用Win95。至此，PC-98开始衰落了。1997年，在PC-9801度过它的15岁生日后，NEC宣布停产PC-9801系列计算机，推出后继机型PC-9821。2000年，PC-98全系列最后一款机型PC-9821Ra43，搭配Intel 赛扬 433 CPU。到2003年，NEC正式宣布，PC-98系列全面停产，退出市场。自此，日本人独特的自主研发PC格式彻底消亡；此后生产的日本
个人计算机，全部采用
IBM兼容机方案。