在全球怪兽灾难爆发后，世界各国于1966年成立了
地球防卫队GGF(Global Guardian Force)，以应对来自地球内外的怪兽和外星生命的袭击。
在某次清理行动中，地球防卫军日本支部(GGFJ)遭遇了宇宙甲壳怪兽
巴赞甲以及神秘的巨人。 这是一个身份不明的大型外星人，代号为“奥特曼”。几十年来在宇航员中一直有着奥特曼的传言。后来，原本领导着特殊部队的比留间弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽对应分遣队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特殊怪物反应分队。他指挥的这支新的特殊部队，以驾驶巨型怪物形的机器人阿斯加隆为主来对抗怪物灾难。 同时，他还奉命调查在巴赞甲之战中出现的奥特曼是否为必须消灭的敌人。
变身为奥特曼的主人公
比留间弦人阿斯加隆为主应对怪兽灾难，指挥所设立于GGFJ的教将野基地。当接到命令时，成员会回答“ウィルコォ”(Wilco)，这是缩写自军事通信术语“Will comply”的回答，表示“遵从指令”的意思。SKaRD设有威胁警戒态势，根据情况分为Alpha（A级）、Bravo（B级）、Charlie（C级）三个等级。