S基因是植物受粉中支配花粉和花柱性质的基因。它决定着可育性和不育的性质。

例如樱桃具有S1、S2、S3、S4等S基因，其具有S1S2基因的花粉，即使着落于S1或S2基因型的花柱上，也不能在此花柱上发芽，而产生同一基因的自体不育。与此相反，在具有与花柱不同的S基因S3或S4的花粉，便可在花柱上发芽伸长，并受精结果，产生具有S1、S2、S3、S1S4、S2S4等基因型的接合体而结出种子来。认为这种情况就是由于具有不同的S基因造成的。