1929年8月组建。其领率机关以西伯利亚军区第18、第19步兵军的机关为基础，下辖远东边疆区、布里亚特―蒙古自治共和国、西伯利亚边疆区伊尔库茨克州驻军，以及从中部地区调来的第21、第35步兵师，并负责指挥远东区舰队（1931年1月起改称阿穆尔河区舰队），司令为V.K.布柳赫尔。在中东路事件中，该集团军于1929年9～12月入侵中国东北。在同江、富锦、满洲里、扎赉诺尔、密山等地区打败中国东北军。此后，兵力不断加强。1935年5月，在其基础上组建远东军区和外贝加尔军区。同年6月2日，远东军区又重新改编为远东特别集团军。为保障部队供应，集团军组建了特别农垦军，下辖数十个集体农庄。为应付日本的威胁，1938年6月28日，该集团军扩编为远东方面军。
1938年，方面军部队(步兵第39军和航空兵)在哈桑湖地域抗击
日本军国主义军队入侵苏联领土的战斗中，取得了战斗经验。
哈桑湖地域战斗结束后，根据工农红军总军事委员会1938年8月31日决定，远东方面军领率机关被撤销。在方面军基础上组建了红旗独立第1和第2集团军。由于日本加紧战争准备和日军在苏联边境地区进行挑衅。
1940年7月，远东方面军领率机关在
赤塔方面军军队集群领率机关(辖红旗独立第1和第2集团军、第15集团军和北方集团军群)基础上重新组建。
1941—1945年，远东方面军所属部队和
太平洋舰队经常处于战备状态，进行军政训练，并根据国境掩护计划构筑了防御地区。在日本发动战争的威胁最严重的时刻(1941—1942)，方面军第1梯队各兵团占领防御，准备抗击日军入侵。
卫国战争年代，远东方面军向
苏德战场抽调23个师(其中步兵师16个，骑兵师2个，坦克师4个，摩托化师1个)、19个旅(其中：步兵旅3个，空降兵旅3个，炮兵旅13个)和航空兵部队，总兵力约25万人、火炮和迫击炮约3300门、坦克约2000辆和其他技术装备。此外，开赴前线的补充兵员有10万余人。
即便是在
莫斯科最危险的时刻，远东方面军主力也没抽调，相反的，在西线最紧张的时刻，远东方面军还不断被编入新型技术兵种，使之实力更强，可见其在斯大林心中的地位。