清康熙二年，
八旗总教头高雄（高雄 饰）因触犯满汉通婚之法，被肃亲王指使蝙蝠法师（袁信义 饰）截杀，危急关头高雄绑架肃亲王的小贝勒出逃，岂料他意外将小贝勒勒死……十四年后，江湖上有“奇门”（梁家仁 饰）和“遁甲”（袁祥仁 饰）的师兄妹法力高强，虽然他们为人古怪但却不时造福一方，在奇门遁甲生活的镇上，就潜藏着隐姓埋名多年的高雄，高雄当年拾到一个孤儿“树根”（袁日初 饰），尽心尽力将其抚养成人。不久高雄身份暴露，蝙蝠法师再度追杀，并计划将树根伪装成昔日失踪的小贝勒，以便令自己控制朝廷。高雄力战蝙蝠法师身死，树根只得向奇门遁甲二人求助，随引发连场不可思议的法术对决……
“奇门遁甲”相传是中国著名的民间传说奇术，但其实它在历史上并非真正意义上的法术。《辞源》对奇门遁甲的解释为：“术数之一，起于《易纬·乾凿度》太乙行九宫法，……其法以十干中乙丙丁为三奇，依戊己庚辛壬癸为六仪。三奇六仪分置九宫，而以甲统之，视其加临吉凶，以为趋避，故称遁甲。……遁甲当循甲，以六甲循环推数。”所谓奇门神功无疑是被误解的观点，但在袁和平能以此为基础，创作出这么一部充满民俗草根趣味的功夫喜剧。
袁和平在影片中的拳师打斗之外更设计出五鬼运财、奇门大法、遁地术等法术阵势，既有超乎寻常的杂技式动作，又有大量传统魔术戏法，使《奇门遁甲》里的人物造型、道具、布景以及打斗场面呈现出既恐怖又幽默的诡异风格。即便在当今香港电影中，《奇门遁甲》的风格也称得上独树一帜，颇有“中国式忍术片”的新奇娱乐性，更从此开创法术功夫片的新类型，将中式魔幻真正的发扬光大。
事实上，西方魔幻片在魔法的表现上往往是神奇而不拘常理的，只要拥有咒语及魔力，随时能够利用魔法打得天翻地覆甚至毁天灭地，虽然想象力天马行空，但观众看多了难免会觉得不切实际。但中国电影演绎得“奇门遁甲”却有所不同，反而有一定程度上的“科学解释”：片中道士作法求雨就并非神打上身，而是借
风湿骨痛及观测天气湿度等方式测雨，可以说是“孔明借东风”典故的魔幻版；另一场戏是老太婆用纸剪成蝴蝶，便可像真的蝴蝶一般飞起，表面同属奇术，但科学却证明在纸屑上涂一种对阳光由反应作用的石粉就能做出此效果，因此《奇门遁甲》里的神功应属半真实、半狂想。
当然，《奇门遁甲》对中国民间法术的演绎，更多仍是天马行空，因此电影里出现了神奇埕人、
移形换影、隔空点穴、钉影定形、飞陀放剑、甚至活人般的“七星木头人”等，更有潜入阴间抢令牌，搞出油锅和纸桥等，大玩
茅山法术。
影片中，
袁家班中的几名武师均现身担任主要角色，让观众见识到“武丑”的银幕魅力。本片剧情虽然相当模式化，但梁家仁与反串演出的袁祥仁却演得十分生动逗趣，时有爆笑场面出现，而片中求雨等法术片段颇具吸引力，打斗的设计亦维持袁家班一贯的紧张刺激。袁和平的电影历来重趣味，所以影片更多是在插科打诨中进行下来，并不如刘家良那么严肃。影片在82年的票房市场上虽说不算高攀，但也取得了出众的成绩，毕竟在一个现代都市喜剧崛起的年代，在老派功夫片中拿到回报，已经是不甚容易了。