“九一八”事变，国民党撤出华北，国民党高级军官金戈冒死回到东安城内，想要接走自己的母亲和新婚妻子柳文婷。但日军已然进城，柳文婷被逼自尽，金戈被抓。我党地下工作者救出金戈，希望他能前往根据地，运用自己的军事知识与八路军共同抗日。然而金戈对
八路军的作战能力持怀疑态度，他选择独自留在东安城附近杀鬼子。一次偶然的不打不相识，金戈遇到了我敌后抗日游击队队长戴金花，与他们一起击退了鬼子。从最初的互相看不上眼，到一起浴血奋战，金戈从戴金花身上看到了真正的抗日精神。他们成为一支活跃在敌后的抗日武装，极大地牵制了龟井的军事力量。1945年，日军在各个战场上节节败退，龟井想要在东安城实施“死海”计划，全城百姓生命安危悬于一线，金戈与金花带领队员潜入东安城，最终成功制止了“死海”计划，共同迎来了抗日胜利的曙光。
《战旗》在故事的设置上是紧张刺激的抗战与嬉笑怒骂的麻辣冤家相结合。艺术包装环节，服装时尚皮靴、牛仔衫、马甲、围脖儿、雷朋眼镜一样不少。在电脑特技的点缀下，爆炸、弹道和鲜血都较为逼真，音效的制作也非常精良；摄影更是可圈可点，构图、调色都像电影级别靠拢。除了打造“年轻态”的观众体验，还用了其他的手段来加强效果，最明显的就是“江湖”成分。剧中王媛可所扮演的戴金花，台词中多次出现“全民皆兵”的概念——剧中的农民、山匪、土八路、正规军都是抗战的生力军，表现了远离庙堂之高的民间正义（
新浪评）。
该剧把沉重久远的抗战题材，转变成高富帅和野蛮女友的故事，是该剧特色之一。金戈和戴金花一个是留洋归来家道殷实的军事天才，一个是风里来雨里去混在男人堆里的“穆桂英”，两人在共同抗战的大前提下情愫暗生。当常见尺度的大男子主义，碰到少见的暴脾气烈女，感情戏码既好看又感人（广州日报评）