办刊历史
1975年，《水运工程》试刊，为内部参考资料。
1976年，经中华人民共和国交通运输部批准正式创刊，并由中华人民共和国交通运输部主管，中交水运规划设计院有限公司主办。
1981年，《水运工程》正式公开发行。
1988年，《水运工程》正式面向中国全国发行。
1991年，《水运工程》正式面向中国国内外发行。
2009年6月，经国家新闻出版总署批准，中国交通建设集团有限公司成为《水运工程》主管单位。
2010年，建立全国审稿专家库。
2017年4月，该刊成为中国国家新闻出版广电总局第二批认定学术期刊。
办刊条件
栏目方向
《水运工程》主要报道港口、航道、通航建筑物与航电枢纽，适当报道勘察、施工、监理、信息化、工程经济、管理之新理论、新技术、新材料、新工艺、新方法。
《水运工程》主要设有综合、港口、航道及船闸、地基与基础、施工、监理、信息化等栏目。
人员编制
据2018年11月《水运工程》官网显示，《水运工程》第十五届编辑委员会（2015年11月—2019年10月）共有编委44人。
据2018年11月《水运工程》官网显示，《水运工程》第八届理事会（2018年1月—2019年12月）共有常务理事31人、理事19人。
学术交流
2012年6月20日，《水运工程》社长陈路华在大连组织召开了“《水运工程》社长调研恳谈会”，与会人员主要围绕杂志市场地位、特色、组织体制和两大运行机制（编读交流和优秀论文评选）运行现状进行了交流。
2012年8月30日，《水运工程》社长陈路华在南京河海大学举行了专场读者作者调研座谈会，内容涉及期刊现状、编读交流和优秀论文评选两大运行机制、撰稿态度与端正文风、审稿标准、现场交流等。
2017年11月10 日，由《水运工程》编辑部主办的《水运工程》第十一期编读交流会在宁波举行。
办刊成果
出版发行
据2018年11月23日中国知网显示，《水运工程》出版文献共13261篇。
据2018年11月23日万方数据知识服务平台显示，《水运工程》载文量为7507篇。
《水运工程》有世界二十个国家和地区的网络读者，三千多家国际网络机构用户。
影响因子
据2018年11月23日中国知网显示，《水运工程》总被下载996170次、总被引32323次；（2018版）复合影响因子为0.307、（2018版）综合影响因子为0.236。
据2018年11月23日万方数据知识服务平台显示，《水运工程》被引量为21164、下载量为170400；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《水运工程》影响因子为0.428，在全部统计源期刊（6735种）中排第3298名，在交通运输（152种）中排第53名。
收录情况
《水运工程》是北京大学《
中文核心期刊要目总览（1992年第一版、1996年第二版、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版、2017年版）》来源期刊。
荣誉表彰
据2018年11月中国知网显示，《水运工程》曾被评为中科双效期刊，还是Caj-cd规范获奖期刊。
据2018年11月万方数据知识服务平台显示，《水运工程》被中华人民共和国交通运输部评为优秀期刊。
文化传统
《水运工程》弘扬改革创新精神，践行” 专业论坛、技术伴侣”的目标，有效履行使命，为实现水运建设事业的光荣与梦想，做出新的贡献。
《水运工程》以“网络是工具，互动是精髓”为办刊模式。
《水运工程》贯彻“双百”和“科学技术为经济建设服务”的方针，开展学术和信息交流。
期刊领导
现任领导
历任领导