影片讲述了热爱动物又充满幻想的十岁男孩方小奇，由于父母常年在外工作，所以只能在爷爷工作的“
极地海洋世界”里度过自己的童年。值得庆幸的是，“海洋世界”里千姿百态的各种
海洋动物，让小奇的生活充满了欢乐和幸福。
一天晚上，远在北极的爸爸给小奇来的一封信又使他失望了,信中说我们的科考工作还没完成，因此不能回来给你过生日了。小奇非常难过，便拿着爸爸的信独自来到海豚池边偷偷哭泣。就在这个时候，奇迹发生了！那只平时就跟小奇很要好的小海豚琪琪，突然开口和他‘说话’了！它告诉小奇，它也很难过，天天思念自己的爸爸。两颗心，因为同一种情感被紧紧地联系在一起。
小奇从饲养员那里得知，琪琪是被人类从大海里救回来的。当年它爸爸为了保护它，在和鲨鱼拼搏中受了重伤，现在还不知是生还是死。琪琪的悲惨经历，让小奇决心帮助琪琪找到它的爸爸。
就在小奇和同学们努力准备的时候，琪琪却突然病了。望着不吃不喝的“好朋友”，小奇流下了眼泪。他知道，琪琪的病是因为它见不到爸爸而造成的！情急之下，小奇和维维、洋洋等好朋友把琪琪从“海洋世界”偷运出去，可就在他们的行动将要成功的时候，却被饲养员发现了。小奇不仅被平日里非常疼爱他的爷爷怒斥，还被禁止再来海豚池看琪琪！小奇又气又急，终于也发起了高烧。
小奇怎么也不知道，他和琪琪之间的友谊，他为“海洋朋友”所做的一切努力，同样也打动了一些人的心，他们正在为琪琪重归大海，重见爸爸而暗暗努力着。一段关于人与动物、亲情与友谊、爱与理解的美丽故事，正在那个如梦如幻的海洋世界里上演着……
这是中国第一部海洋童话故事片。作为我国第一部面向海洋与自然的儿童电影，《海洋朋友》讲述了人类与
海豚之间产生友谊的故事，片中充满了奇幻的童话色彩，故事情节感人至深，画面精美漂亮。影片首次将数码动画特技与真人表演相结。影片充分考虑了市场元素，在后期制作中利用先进的三维动画技术和特技，其中人与动物嬉戏亲近的镜头，以及海豚表演、美人鱼表演、人鲨共舞等精彩画面，深受小朋友喜爱，号称“中国第一部儿童海洋科幻故事片”。