1964年初，为向新中国成立15周年献礼，作曲家
吴祖强、
杜鸣心接到为现代芭蕾舞剧《
红色娘子军》创作音乐的任务。由于从接到任务到演出只剩半年时间，舞剧创作组主创人员便于当年2月到海南万泉河周边的黎村苗寨深入生活，这些留苏归来的作曲家和舞剧编导，看见头戴斗笠、身穿唐装大裤筒的海南妇女挑着担子、戴着斗笠劳动的场景，就想要创作一段《我编斗笠送红军》的舞段，这样，舞蹈的地方色彩有了，音乐的民族风格也有了。
于是，作曲家吴祖强、杜鸣心等人经过广泛搜集海南民间音乐素材，尤其是黎族歌曲《五指山咧五条溪》对他们影响很深，经过多遍创作、修改，终于完成了《万泉河水清又清》的创作。
20世纪70年代初，中央征求《万泉河水清又清》的修改版，不少作曲家积极响应，上百首不同版本的《万泉河水清又清》涌现出来。杜鸣心为了激发再次创作的灵感，先后两次到海南采风“补课”，在第一次创作的基础上创作出新的音调，融入了更多的海南元素。最终，时任国家文化部部长
于会泳选择了杜鸣心的版本。
《万泉河水清又清》作为芭蕾舞剧《红色娘子军》中的一首配歌，开创了芭蕾舞剧载歌载舞的新形式，更是在揭示人物内心情感方面起到了积极的作用。歌曲在音乐语言上吸收了海南五指山的民歌，体现出鲜明的黎族音乐风格和特点，同时，在结构方面也十分方整、句式清晰。更重要的是，婉转的旋律伴随着优美的舞姿，极其深刻地表现了军民团结一家亲的动人景象，从而揭示出军民关系的本质，起到了深化舞剧主题思想的作用。