三亚珊瑚礁国家级自然保护区是1990年9月经国务院批准建立的国家级海洋类型自然保护区之一，位于海南省三亚市南部近岸及海岛四周海域，地理位置为东经 109°20′50″~109°40′30″，北纬18°10′30″~18°15′30″范围内。

在70年代和80年代，珊瑚礁受到了严重的破坏，人们采挖珊瑚礁制作工艺品，甚至用珊瑚礁烧制石灰，使这一带的珊瑚礁资源大量减少，良好的生态环境遭到破坏，生物多样性遭受损害。

1989年，科学家提议将这片珊瑚礁海域划为国家级海洋自然保护区。

1990年9月，三亚珊瑚礁国家级自然保护区经国务院批准建立的国家级海洋类型自然保护区之一。

三亚珊瑚礁国家级自然保护区位于海南省三亚市南部近岸及海岛四周海域，地理位置为东经109°20′50″~109°40′30″，北纬18°10′30″~18°15′30″范围内。接壤鹿回头半岛和大、小东海沿岸海域（包括小洲岛）；西濒传奇美丽的东、西瑁岛四周海域。保护区自东向西由亚龙湾片区、鹿回头半岛--榆林角片区和东、西瑁岛片区三部分组成，保护总面积85平方公里。

该区地貌中部与东、西部有明显差异，东、西部属典型的海岛地貌；中部岬角、海湾多，属半岛陆域地貌。

保护区主要保护对象为：造礁珊瑚、非造礁珊瑚、珊瑚礁及其生态系统和生物多样性。造礁珊瑚的建造者为珊瑚虫，珊瑚虫属热带海洋腔肠动物。117种（包括5个亚种）造礁珊瑚，分别属于13科、33属和2亚属。还有在成礁建造中有积极意义的苍珊瑚、笙珊瑚、多孔螅和多种非造礁珊瑚--软珊瑚、柳珊瑚和与珊瑚礁生态系统共栖和密切依赖的其他丰富多样的海洋生物。

保护区主管部门是国家海洋局、海南省海洋与渔业厅，三亚国家珊瑚礁自然保护区管理处负责本保护区的保护、建设与管理。管理处下设三个珊瑚礁保护站，并设有一处供公众生态教育的珊瑚标本展览馆及配有一批执法管理、宣教、科研设施及装备。