一九四四年九月，新疆北部伊犁地区的少数民族人民，为了反对国民党反动派的民族压迫和经济掠夺，发动了声势浩大的武装起义。这次起义先后同阿山、塔城一带的起义武装联合，占领了新疆北部的大部分地区，所以又被称为“三区革命”。国民党反动派从甘肃和新疆各地调集了大批军队，对起义军实行长期的大规模的武力镇压。起义军在新疆各族广大人民的积极支持下，进行了英勇的抵抗，一直坚持到一九四九年新疆解放。

20世纪40年代初，正值苏德战争爆发，中国抗日战争处于相持阶段。苏联和中国共产党都处在暂时困难时期。新疆军阀盛世才错误估计形势，于1942年抛弃亲苏亲共立场，投靠国民党。他下令逮捕在新疆工作的全体中国共产党员，杀害了陈潭秋、毛泽民、林基路等共产党人和大批各民族代表人物、进步分子。同时，撕毁与苏联签订的各项协议，迫使苏联撤走所有顾问、专家，并中断了与苏联的贸易，使新疆的生活、生产用品货源枯竭，加上法币流入和滥印省币，导致通货膨胀、物价飞涨。新疆的社会、阶级、民族等矛盾日益激化。特别是盛世才在伊犁、塔城、阿山3个地区强行收缴牧民枪支和要牧民捐献军马的举措，使本已激化的各种矛盾更加尖锐，从而引发了三区革命。

1943年3月，盛世才和国民党政府发布命令，强迫各族人民捐献军马1万匹，并规定如不能捐马，则必须缴纳高于市价二分之一的马价钱。当时，各族人民本来就承担着二十余种苛捐杂税，仅土地税就占了农民全年收入的一半以上，所以捐马所造成的沉重负担已使各族人民群众难以承受。由于捐马的负担主要落在了伊犁、塔城、阿勒泰地区的广大贫苦牧民身上，因而这三个地区的各族人民首先起义进行了反抗斗争。

1944年8月初，帕提赫·莫斯里莫夫等在伊犁巩哈县乌拉斯台山区以反献马为号召，组建巩哈游击队。10月7日，攻占巩哈县城，史称“巩哈暴动”，三区革命正式爆发。巩哈暴动告捷后，巩哈游击队与伊宁各族群众里应外合攻打伊宁，经数日激战，于11月12日占领伊宁市区，成立临时革命政府。在临时革命政府领导下，到1945年2月不仅肃清了盘踞在伊宁飞机场、空教队、鬼王庙三处的国民党残余势力，而且统一了除精河县外的伊犁地区全境，粉碎了国民党军对伊犁的数次军事进攻。

为扩大战果，把武装斗争推向国民党统治区，1945年4月，临时革命政府组建了民族军，制定了三线作战计划。6月中旬，以牵制南疆国民党军队为目的的南线作战开始，民族军一部南越天山进入阿克苏地区，攻下拜城、温宿两县，后因攻打阿克苏失利而撤回。另一部取道苏联进入喀什地区，会同蒲犁游击队攻下蒲犁、叶城、泽普等县。7月，旨在解放塔城和阿山地区的北线作战铺开，民族军一部在艾比湖——玛依勒游击队接应下，至8月下旬攻下了除乌苏、沙湾外的塔城地区全境。随后挥师北上，同已占领阿山大部的阿山游击队会合，联手攻占布尔津和承化，胜利完成北线作战任务。8月26日，以攻占乌苏和精河为目标的中线作战开始，民族军用3个团兵力，激战5天，突破3道防线于9月8日占领乌苏县城。同时，民族军另一部也于同日占领了精河县城。

随着武装斗争的胜利发展，到1945年9月伊犁、塔城、阿山3个地区得到了统一。临时革命政府辖25个县，拥有28万多平方公里土地、近80万人口，并把战线推到距省会迪化仅150公里处的玛纳斯河西岸。

就在三区革命胜利发展时，世界反法西斯战争和中国抗日战争取得了胜利。饱经战乱之苦的各国人民普遍要求和平，迫于国际社会和民意压力，国民党政府在苏联斡旋下，开始同三区谈判。经过半年的艰苦谈判斗争，1946年1月2日，双方签订了《中央政府代表与新疆暴动区域人民代表之间以和平方式解决武装冲突之条款》和附文一。6月6日，双方又签订附文二。根据和平条款的规定，6月18日，国民党政府改组新疆省政府，张治中兼省政府主席，三区革命领导人阿合买提江等担任副主席及其他职务。新疆人民暂时获得一定的民主权利。

三区革命初期，民族分裂主义分子艾力汗·吐烈（原苏联乌兹别克人）等一度窃据领导权，在伊宁成立了所谓“东突厥斯坦人民共和国”，自任“主席”，宣称要“建立一个真正自由独立的国家”。民族分裂主义分子煽动民族仇恨，制造国家分裂，使革命误入歧途。但由于阿合买提江等三区内部进步力量与新疆各族人民的斗争，民族分裂势力的阴谋最终未能得逞。1946年6月，“三区革命”领导人阿合买提江、阿巴索夫等撤消了艾力汗·吐烈的职务，三区革命政府通过决议正式取消“东突厥斯坦人民共和国”的名称，成立伊犁、塔城、阿山专署，由新疆省联合政府管理，分裂势力受到了致命的打击。

省联合政府成立后，三区与国民党展开了激烈的政治斗争。国民党策动阿山专员乌斯满·斯拉木背叛三区成功，又于1947年5月任命反动的泛突厥主义和泛伊斯兰主义分子麦斯武德为新疆省政府主席，使新疆省内各种矛盾更为加剧，导致改组后的省政府破裂。

省联合政府破裂后，三区为维护和巩固革命成果，着手进行了以下几项工作。第一，调集兵力攻打乌斯满·斯拉木，收复阿山地区。接着，又平定了沙湾县县长哈力伯克与和丰县莫依勒禾武装叛乱，重新恢复了三区的统一局面。第二，充实和调整了各级政权机构和干部队伍，先后成立了三区经济最高委员会、三区教育委员会、三区农牧业委员会，维护法律和社会治安委员会等机构，统一管理三区各方面工作。同时，对3个专署及所属各部门、各县的领导作了调整，一大批进步分子被委以重任，授予要职。第三，成立了新疆保卫和平民主同盟，使三区有了统一的政治组织和广泛的统一战线。第四，在内部进行了思想整顿，着重批判了泛伊斯兰主义、泛突厥主义，纠正了在民族政策上的错误，开展了反对民族分裂主义、维护祖国统一、反对官僚主义和贪污腐化的宣传教育工作。第五，为打破国民党政府对三区的经济封锁和破坏，禁止国民党货币在三区流通，重新发行三区货币。三区在省联合政府破裂后通过采取各种措施发展和巩固了自己，为迎接新疆解放，使三区革命汇入全国人民民主革命洪流之中打下了良好基础。

中国共产党对三区革命给予了热情关怀和支持。1946年12月，董必武曾在南京两次与三区革命领导人之一阿不都克里木·阿巴索夫见面，转达中共中央对三区革命的指导意见。　　1948年8月1日，“新疆保卫和平民主同盟”成立。阿合买提江担任“新盟”主席，三区革命的主要领导人成为“新盟”的领导核心。阿不都克里木·阿巴索夫自南京返新后，遵照董必武的意见，将新疆共产主义者同盟和人民革命党合并组成了民主革命党。该组织在一些重要地区建立了区委会，在一些县和重要单位设立了支部，它团结了包括汉族在内的一批各族进步分子，凝聚了团结反蒋的骨干力量，在组织内进行了正确的民族观教育，宣传共产党的政策，开展维护祖国统一、反对民族分裂主义的斗争，在三区发挥了重要作用。

1949年8月14日，中共中央联络员邓力群率3名工作人员和1部电台抵达伊宁，推动新疆和平解放工作，代表党中央邀请三区派代表出席新政治协商会议。8月18日，邓力群转交了毛泽东给阿合买提江等人的邀请信，信中说：“你们多年来的奋斗，是我全中国人民民主革命运动的一部分，随着西北人民解放战争的发展，新疆的全部解放已为期不远，你们的奋斗即将获得最后的成功。我们衷心地欢迎你们派出自己的代表五人前来参加全国人民政治协商会议的全体会议。”

不幸的是，以阿合买提江·卡斯米为首的代表团所搭乘的飞机，在飞赴北平途中，于8月27日失事，机上17人，全部遇难。根据中共中央的指示，经过研究，由赛福鼎、阿里木江、涂治3人组成新的代表团，出席新政协会议。代表团到北平的第三天（即9月13日），毛泽东在中南海接见他们时说：“以阿合买提江为首的新疆代表团全体成员，不幸牺牲，不仅是新疆人民的巨大损失，也是全中国人民的重大损失。他们的精神是永垂不朽的。”

1949年9月25日，新疆和平解放。10月21日，毛泽东发电称赞：“伊犁、塔城、阿山三区人民的奋斗，对于全新疆的解放和全中国的解放，是一个重要贡献”。12月20日，三区民族军被正式改编为中国人民解放军第五军。

三区革命是在全世界反对德国法西斯的斗争取得全面胜利，中国人民的抗日战争即将取得彻底胜利的形势下爆发的，它有力地打击了国民党在新疆的反动统治，配合了中国共产党领导下的人民解放战争，对促进新疆和平解放起到了积极作用。

新疆三区革命历史纪念馆，位于伊宁市，建于1957年7月，内有七位三区革命领导人的烈士陵墓、纪念碑和纪念馆。