三教祠（又称三教堂），是“三一教”的祠堂，万历十二年（1584年）以后，三一教门徒还在兴化、福州等地兴建三教祠，作为传教活动的场所。

明嘉靖三十年辛亥（1551年），兴化府（今莆田市）布衣林兆恩创立了一种宗教——名曰“三一教”。它有儒、道、释三教合一的思想体系，有自己的经典著作和教义，有自己的祖师和崇拜圣像，有自己相当严格的教规及其组织，有传播经典义理和供奉圣像的场所——祠堂等，有信徒独特的修道方式，还有教主的诞辰和逝世纪念日等。三一教具备全国性许多宗教的基本要素，不仅是兴化（莆田）地区一种具有广泛影响的民间宗教，而且在海内外也是有一定影响的一种宗教。

新中国成立以后，三一教徒几乎停止了以往的宗教活动，因此三一教在民间影响已极衰微。近几年来，三一教又重新抬头，在福建省的一些县、市传播，影响渐巨。

从三一教的分布情况来看，已发现莆田、仙游、惠安、福清、福州等县、市均有三教堂(祠)和三一教徒。据统计，目前在上述县、市共有三教堂757座，三一教徒55167人。各县、市的三教堂和三一教徒的数量列表如下：

上述统计资料表明，三教堂、三一教徒主要集中在莆田市(莆田和仙游二县)，莆田市的三教堂多达733座，占全省三教堂96.8%。三一教徒多达54158人，占全省三一教徒的98.2%。可见，三一教在莆田市范围的影响是相当大的。另外，据归国华侨说，在中国台湾地区也有许多规模宏大的三教堂和数以万计的三一教徒。

一般的祠堂，正中央供教主林兆恩，左祀张三峰，右祀卓晚春。大一点，如东山祖祠等，在张、卓的下首分别供奉“四配”神，卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时四大门徒。

民间建立的三教堂及其所供奉的神灵，释迦居中，老子居左，孔子居右。在三教堂内，三教共处一室，既以一神而待，又各司其责，互不相犯。

万历十二年（1584年）以后，三一教门徒还在兴化、福州等地兴建三教祠，作为传教活动的场所。至崇祯十年（1634年），福建已有三教祠堂近40座。林兆恩去世后，莆田、仙游城乡也普遍建立三教祠，并奉祀林兆恩的圣像。福建上而延、建、汀、邵，下而晋、安、清、漳，皆有三教祠堂，以供林子的“遗貌”。

据史志记载，1949年，莆田县境内有三一教祠堂523座，教徒11800多人。仙游县与莆田县差不多。

明末清初，三一教通过兴化人及门徒漂洋过海经商和移民，传播到我国的中国台湾地区、中国香港地区、中国澳门地区和东南亚等国家。中国港澳台地区和印尼、马来西亚、菲律宾、新加坡等国有三一教的祠、堂、书院、洞和宫等。新加坡著名的三一教祠堂有九鲤洞、琼三堂、天性祠、兴胜堂等。马来西亚有三一教祠堂1000多座，其中较大的有吉隆坡三教堂、宗圣堂、宗贤堂、三圣堂等。祠堂内奉祀林龙江、张三峰、卓晚春、卢文辉、林至敬、朱慧虚、张洪都的神像，也有奉祀孔子、老子、释迦牟尼的塑像。

近代（清末至民国以来），三一教还辗转传入欧美许多国家。现在，法国、德国、美国、俄罗斯等国，有研究三一教的专家学者。美国学者丁荷生曾多次来到莆田，调查考察三一教，撰写了论文进行介绍。日本、马来西亚、印尼、新加坡、澳大利亚等国的专家学者，也有兴趣进行学术研究，有的还成立了三一教的研究机构，发表了许多学术论文。尤其是日本，在国内许多文库、院校藏有《林子全集》数百卷。学者铃木清一郎，于1934年研究三一教在中国台湾地区的传播情况，在他所著的《台湾旧惯习俗信仰》中作了介绍。当代学者间野潜龙酒井忠夫等的研究成果也相当突出，影响也较大。