三链DNA是指当某一DNA或RNA寡核苷酸与DNA高
嘧啶区可结合形成三链，能特异地结合在DNA的大沟中，并与富含嘧啶链上的碱基形成氢键。
脱氧寡核苷酸能与双螺旋双链DNA专一性序列结合，形成三链DNA，来阻止基因转录或DNA复制，此脱氧寡核苷酸被称为三链DNA形成脱氧寡核苷酸(TFO)。为了与作用在mRNA翻译水平的
反义RNA的反义技术相区别，将三链DNA技术称之为反基因技术。
三链DNA的特点：第三股碱基可以与Watson-Crick碱基对中的嘌呤形成Hoogsteen配对；第三股与寡嘌呤核苷酸之间同向平行；第三股可以来自分子间也可以来自分子内。