上海中医药大学中药研究所是经上海市卫生局批准，创建于1985年6月，为专门从事现代中药基础与应用研究的二级部门。

上海中医药大学中药研究所是在上海中医药大学生物技术研究室的基础上逐步发展壮大。胡之璧院士为创所所长，她用心血和智慧为中药研究所、中药学科的发展奠定了基石。现任所长王峥涛教授，为我国中药学学科首位国家杰出青年基金获得者。

上海中医药大学中药研究所作为中药学国家一级学科重点学科的挂靠单位和主要建设部门之一，为学科建设做出突出贡献。本学科在2007-2009、2010-2012、2013-2016教育部一级学科评估中，蝉联全国第一名。同时也是国家中医药管理局重点学科、上海市一流学科（A类）、高峰学科（I类）建设学科。2011年被评为教育部创新团队（2014年验收优秀，获滚动资助）, 2011年、2015年2次被评为全国优秀博士后流动站。

上海中医药大学中药研究所围绕国家中药现代化、国际化的战略需求，在中药生物技术与资源可持续利用、中药品质与功能评价、中药及复方药效物质基础与作用机理、创新药物研发等方向进行重点建设，在中药生物技术、中药标准化研究领域形成特色和优势。

上海中医药大学中药研究所成立30年来，秉承继承、发展、提高、创新的宗旨，以国家重大需求为导向，以学科建设为抓手，基础研究与开发应用相结合，人才培养与基地建设并重，形成一支学缘结构优化、专业结构合理、富有创新精神的学科团队。现有在编人员45人(含上海中药标准化研究中心)，其中正高15人，副高9人，24人具有博士学位，12人具有硕士学位。团队成员中有院士1人、国家杰青1人、国家优青2人、教育部新世纪人才4人、人社部香江学者1人，上海市东方学者2人，上海市学科带头人3人、曙光学者5人、科技启明星9人，可谓群星荟萃，构筑了现代中药研究人才高地。

上海中医药大学中药研究所拥有中药标准化教育部重点实验室、中药新资源与品质评价国家中医药管理局重点研究室、上海市复方中药重点实验室、上海中药标准化研究中心等研究基地和技术平台。承担国家重大新药创制（关键技术、临床前、候选药物）、国家自然科学基金（重点、面上、青年基金）、国家973项目（子课题）863计划、国家科技攻关、教育部、国家中医药管理局、药典委、上海市科委、教委等资助各类科研课题200余项。发表论文850余篇，其中SCI收录论文480余篇,4篇被评为ESI高被引论文；获授权专利54项；作为主编、副主编、编委等出版专著21部。研究成果先后获国家科技进步二等奖4项、上海市科学进步一等奖3项、教育部自然科学一等奖3项。将先进技术、方法应用于中药国家、地方、企业标准的制订、修订，提升中药标准水平，84项中药标准为中国药典（2005、2010、2015年版）采纳。

上海中医药大学中药研究所作为学科的人才培养基地，目前拥有博士生导师10名（含兼职博导3名）,硕士生导师23名（含兼职4名）。共培养博士研究生112名，硕士研究生210名，博士后28名。4人获得全国优秀博士论文提名奖，3人获全国博士后国际学术交流项目，1人获得人力资源与社会保障部香江学者奖励计划。