上海中医药大学图书馆创办于1956年9月，建成于1958年，属教务处领导，受学校图书管理委员会指导。场馆总建筑面积为4448平方米，馆藏图书423377册，拥有用于文献和数据库服务的专业服务器5台，交换机和集线器等网络设备共8台，计算机100台，还有包括MicroMedia 网络数据库管理更新系统，CD-NET ACCESS磁盘阵列管理系统，Microsoft Windows 2000，Microsoft Windows NT 4.0，“丹诚”图书馆管理系统，“上海高校网络图书馆”互借管理系统等在内的系统集成应用软件。

1978年图书馆列为处级单位，改由院长直接领导。1984年与科研处情报科合并，成立图书情报中心，各室亦根据图书情报工作一体化的原则开展工作。图书信息中心实行分管校长领导下的馆长负责制。图书信息中心馆舍在1975年建筑面积为1670平方米，其中书库 810平方米，阅览室 540平方米，座位 120个。1994年经改建和扩建至今。

现馆舍总面积为4448平方米，新设立了期刊阅览室、外文与文学书借阅室、文献检索工具书阅览室、多媒体电子阅览室、现代中医样本书库、线装书与善本书库，阅览室的总面积增至1200平方米，书库面积也扩大为1090平方米。

该馆现有10个部门：（1）馆长办公室；（2）采编部，负责图书的采购、分类、编目工作；（3）流通部，负责图书的典藏、出借；（4）期刊部，负责期刊的管理、阅览、网上文献传递服务；（5）综合阅览室，负责一般图书报刊的阅览；（6）传统医学资料室，管理中医样本书、善本书、线装书，并提供阅览；（7）多媒体电子阅览室，负责提供光盘数据库检索、Internet网上信息查询、多媒体课件辅助教学及影视娱乐等服务；（8）信息技术部，负责全馆局域网及计算机和网络设备的维护管理，定期更新图书馆主页，开发建设专题数据库等；（9）参考咨询部，负责收集反馈馆内外的意见建议，图书馆利用，开展专题服务，培训咨询馆员等；（10）复印打印中心，负责提供各种复印及打印服务。

馆藏图书分为图书类、期刊类、特藏类，至2001年，全馆藏书总量为423377册，包括中医药书籍 15000种、12万册，外文图书8000种、近 2万册。特藏类中医善本书1110部、6200册，主要为木刻本、抄校本、日本刻本、抄本，其中金、元、明刻本 200余部、1500册，某些为国内的孤本、珍本。该图书馆服务对象为在校本科生、研究生、教职工、3 所附属医院的医务人员、10个研究所的科研人员。阅览室共约15万册书刊供读者开架借阅，每年接待读者约 37000人次，其中综合阅览室每周开放72小时，年接待读者 27000人次；流通部 5万册书刊全部开架借阅，年接待读者5800人次，借出图书 12000余册；传统医学资料室年接待读者 2000人次；外文阅览室开架28200多册图书；文艺开架图书28000多册。

该馆数字化网络化建设开始于1996年，现已建成了包括馆内局域网、多媒体电子阅览室、公共查询系统等在内的网络设施，应用“丹诚”图书馆自动化管理系统对图书馆各工作流程实行自动化管理，并建立了该馆网站，提供多种网上服务。拥有用于文献和数据库服务的专业服务器5台，交换机和集线器等网络设备共8台，计算机100台，还有包括MicroMedia 网络数据库管理更新系统，CD-NET ACCESS磁盘阵列管理系统，Microsoft Windows 2000，Microsoft Windows NT 4.0，“丹诚”图书馆管理系统，“上海高校网络图书馆”互借管理系统等在内的系统集成应用软件。现已通过光纤接口联入中国教育科研网和国际互联网，并实现与“上海高校网络图书馆”的数据共享和馆际互借。