上海中医药大学基础医学院（中医基础理论研究所）是院所合一的二级学院。其前身为上海中医学院基础部，于1962年10月建立。因其规模和职能的扩展，随学校更名为
上海中医药大学后，于1996年10月改称为
基础医学院。学院承担全校各专业本科生、研究生的前期中、西医基础课程的教学任务。学院下设15个教研室、3个研究室、1个实验研究中心，辖属5个二级学科。
基础医学院承担全校各专业本科生、研究生的前期中、西医基础课程的教学任务，分设5个学科大类、19个教研室，现有职工180余名，教师中硕士、博士学历占70%，正高33名，副高40名。学院管理的学生近1000名，其中硕士生、博士生200余名。该院设有2个
博士后流动站，4个博士点，5个硕士点。其中，中医基础理论学科是上海市教委已建的、
国家中医药管理局在建的重点学科。
中医医史文献学科为上海市重点（特色）学科，学院是全国理科基础学科研究和教学人才培训基地。其他如中医诊断学、中医临床基础及中西医结合基础等学科在全国中医院校中均具有一定的学术优势和地位。目前，学院承担国家和部市级课题50余项，科研经费愈千万。在开展中医藏象研究、中医“证”的研究、中医四诊客观化研究、中医防治亚健康研究、中医体质学研究、中医学术史研究、中医经典防治重大疫病研究及中医方证相关研究等方面均取得可喜成绩，并创立了具有中医特色的解剖学科，其学术水平全国领先。近年来，该院先后主编国家统编规划及新世纪课程教材20余本。
学院聘请多名国内外知名专家、教授担任名誉教授和客座教授，互访及学术交流频繁。学院有多名教授应邀赴美国、法国、日本、韩国、新加坡、澳大利亚等国讲学，在国际上为学校赢得良好声誉。
学院在历任领导带领下，长期以来为学校的教学科研作出重大贡献，成为学校教学与科研的主要支柱。学院名师辈出，名医荟萃，金寿山、刘树农、张伯讷、殷品之、张震夏、贾福华、沈济苍、万淑媛、裘沛然、凌耀星、傅维康、段逸山、柯雪帆、严世芸、赵伟康、严振国、曾兆麟、施玉华、顾文聪等著名中西医学家先后在学院任教任职。