上海中医药大学研究生院是一所高等院校，位于上海市蔡伦路1200号。

2004年，上海中医药大学研究生管理部门从研修部改为研究生院，陈凯先校长担任研究生院院长，校党委书记、常务副校长谢建群教授担任研究生院第一副院长，设常务副院长负责研究生院日常工作，加强大学对研究生教育工作的领导。

研究生院下设行政、招生、培养和学位、学生管理和就业等科室，再编行政管理人员11位，学生辅导员2名，其中具有硕士学位以上6名，副高以上职称7名。各学院由负责研究生管理的院长、教学处（科）长和研究生专兼职辅导员等具体负责研究生的日常管理。根据上海中医药大学研究生的实际情况，学校采用二级学院辅导员既负责研究生政治思想工作，也参与研究生培养和学位等日常教学管理工作的模式。

1978年中国恢复研究生教育，学校在全国中医院校中作为第一批招生单位，向全国招收攻读硕士学位研究生27名。

1981年中国建立学位制度，学校作为首批获准的学位授予单位，有“中医内科学”等3个博士学位授予权学科专业点和“中医基础理论”等16个硕士学位授予权学科专业点。

1983年招收首批攻读博士学位研究生3名。

1985年在全国中医院校中首批举办“中医基础理论“和”中西医结合临床”专业研究生班，前后举办5个班次。

1987年首批开展硕博连读临床医学博士生招生工作。同年开展在职人员申请学位工作，有“中医内科学”等2个博士学位授予权专业和“中医基础理论”等6个硕士学位授予权专业。

1995年获得自行审定博士生导师权。同年经国家人事部批准，学校设立第一个中医学学科博士后科研流动站。1995年7月首批进站工作的博士后有2名。

至1996年，学校有权授予博士学位专业点有11个，硕士学位专业点有31个；同等学力在职申请博士学位专业点2个，硕士学位专业点15个。

1998年获全国首批试点招收中医学、中西医结合临床专业学位硕士和博士研究生。

2001年获得中医学、中药学、中西医结合三个一级学科博士授权。

2002年新增“中药制药工程”等5个交叉学科硕士学位授权点。同年受教育部与国家中医药管理局委托，试点在49个（学校自定20个）非医学专业本科生中招收中医学专业硕博连读研究生工作。

2002年招收非医学专业研究生。

2007年学位点情况：一级学科授权博士点3个：中医学、中药学、中西结合；二级学科授权博士点15个，硕士学位点18个，博士学位一级学科授权下自主设置的硕士学位点5个。

至2020年，学校有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科及中医1个专业学位类别（领域）博士学位授权点，中医学、中药学、中西医结合、科学技术史、医学技术、马克思主义理论6个一级学科及中医、中药学、护理、翻译、公共卫生5个专业学位类别（领域）硕士学位授权点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科。