上海交通大学博物馆于2019年1月筹建，由上海交通大学档案馆负责前期筹建工作。博物馆定位是集收藏、陈列、研究、教学、学术与文化交流于一体的综合博物馆。上海博物馆原副馆长陈克伦研究员为博物馆馆长。

上海交大博物馆拥有实物档案、名人字画与手稿等藏品3300多件。根据学校当前需求以及今后发展趋势，博物馆主要关注自然历史与科技、历史文物、文化艺术方面的收藏与展览。自然历史与科技包括自然历史、科学发现、技术创新、创意设计、科学文化等方面。历史文物包括历史考古、传统文化以及著名历史人物等方面。艺术类包括西方古典艺术、现代艺术、中国艺术欣赏等方面。

上海交大博物馆已成立“戴敦邦艺术研究中心”，中心主要搜集、整理、研究戴敦邦国画艺术资料。在作品创作、展览宣传与出版、文创产品开发等方面取得了显著成绩。在中国共产党建党百年之际，戴敦邦先生完成了《资本论》（一、二、三）卷的绘制。2020年6月30日，上海交大博物馆举办“《资本论》新绘——戴敦邦捐赠作品系列展首展”；2021年4月16号，举办“翰墨绘诗词 丹青承意韵——戴敦邦图释宋代诗词展”。出版了《<资本论>绘本第一卷》以及编印了《戴敦邦宋代诗词国画撷珍》。除此以外，上海交大博物馆还引进了一些高质量的展览，如2021年4月28日，“风雨故人来——陈佩秋文献作品展”；2021年6月18日，“陈家泠革命圣地作品展”；2021年9月月“上海博物馆藏：品物游心——中国文人的生活与艺术”等。