根据学校加强科研宏观管理、提升服务水平的要求，科研院在2010年4月进行了新一轮管理机构改革，根据管理职能要求，共设计划项目办公室、平台基地办公室、科技合作办公室、国际合作办公室、重大专项办公室、成果管理办公室、国防科研办公室（先进技术与装备研究院）、四川研究院、项目管理中心及综合办公室。
其职能包括：
国家科研项目规划与管理，985科技创新平台、科研基地建设与发展管理，科技项目合作规划与管理，国际科研合作规划与管理，国家重大科技专项规划与管理，科技成果与知识产权管理，国防科研规划与管理，以及为在研项目提供全过程管理指导与服务。