上海交通大学自动化系隶属于上海交通大学电子信息与电气工程学院，是控制科学与工程国家一级重点学科依托的实体单位，也是“系统控制与信息处理教育部重点实验室”的依托单位。上海交通大学控制学科由中国控制先驱张钟俊院士创建，最早可追溯到1943 年的交大电信研究所。

上海交通大学自动化系是由最早的船舶电机系下设的船舶电气设备专业演变而来的。

1956年，交通大学成立上海造船学院设立船舶电机系下设船舶电气设备专业，学生由交通大学电机系二年级中抽调转入继续学习。同时，为尽快开出专业课培养专业教师从当时应届毕业生中招收了若干名研究生，并聘请了原苏联敖德萨海运学院专家卡切廖夫讲授有关课程。

1957年，上海造船学院与交通大学上海部分合并为交通大学上海部分，船舶电机系与交通大学的电力系合并，船舶电气设备成为交通大学电力工程系的一个专业。

1958年9月，交通大学为了适应上海市及华东地区尖端技术的发展，在交通大学上海部分成立了无线电系，设立“自动学与远动学”专业，抽调部分高年级学生提前毕业当教师派往交通大学西安部分、哈工大等校学习。又从电机、电气机车等专业的二年级学生中抽调部分学生为专业的第一届学生，组成一个班去交大西安部分借读。

1960年，上海交通大学归国防科委领导，“自动学与远动学”专业改为“导弹自动控制”专业，同时船电专业积极准备成立“船舶消磁”专业。1961年，“船舶电工消磁”专业正式成立。

1963年，“导弹自动控制”专业改为“火箭控制与稳定系统”。在“文化大革命”期间专业又进行了调整，1974年，船舶电气设备专业与船舶电器设计与制造专业合并后更名为“船舶及船厂电气化自动化”，“火箭控制与稳定系统”专业更名为“船舶惯性导航自动控制”后又改为“自动控制”属通用性专业。

1976年10月，“文化大革命”结束，根据学校总体发展的需要，拓宽专业面，1978年9月专业调整，“自动控制专业”“与船舶及船厂电气化自动化”，“船舶消磁”专业合并为一个专业名为“自动控制”，下设二个专门化：自动控制和船舶及船厂电气化自动化，一个研究室：船舶消磁，合并以后专业力量得到了加强。

1984年，在自动控制专业基础上成立了自动控制系，下设工业自动化专业，自动控制专业和消磁研究室，当时全系教职工总计68人。

1990年，经学校批准成立了上海交通大学自动化研究所，负责自动化系的学科建设、博士生培养和重大科研项目的攻关。自动化研究所下设复杂系统控制、智能控制、过程控制、鲁棒与非线性控制、CIMS 技术五个研究室和办公自动化系统开发部。

1992年，在上海交通大学的系级办学水平评估中，自动化系获总评优秀奖，（综合评分名列学校第4名），系级研究生教学评估第1名，系级科研综评为第1名。

1994年11月，经上海交通大学校长办公会义讨论通过自动控制系更名为自动化系。2002年,学校确立系为一级学科建设单位，据此精神，将原自动化系与模式识别与图像处理研究所合并组成新的自动化系。

2007年，自动化系中的燃料电池研究所划归学校能源研究院。

自动化系有正式教职工 102 人，其中专任教师 97 人，教授（研究员）40人，副教授（副研究员及高级工程师）38人，助理教授（讲师、助理研究员、工程师） 18 人，实验室与行政人员 5 人。

自动化系有外籍院士1 名，IEEE/IFAC/ACM Fellow 4 人，国家优秀人才15人，其他省部级以上人才计划21 人，Lindquist 教授2020 年获IEEE 控制系统协会最高奖。学科教师担任IEEE 非线性系统与控制技术委员会主席、亚洲控制协会副主席，中国自动化学会副理事长、专委会主任等职及45 个国际期刊编委，在国际学术前沿发挥作用；担任IEEE-IES 工业信息学技术专委会主席，牵头制定IEC 国际标准；担任10 余个上海市科普基地专家。

一级学科：控制科学与工程

二级学科：控制理论与控制工程、模式识别与智能系统

博士后流动站：控制科学与工程

省部级研究基地：系统控制与信息处理教育部重点实验室、智能自主无人系统教育部jmrh协同创新平台、上海市工业智能管控工程技术研究中心、上海市工业互联网协同创新中心、船舶自动化上海高校工程研究中心

杨博，自动化系主任

工作职责：全面主持行政工作

李柠，自动化系党总支书记

工作职责：全面主持党总支工作

黄晓霖，自动化系党总支副书记

周越，自动化系副主任

工作职责：分管教学，协管招生

王景川，自动化系副主任

工作职责：分管学科建设、科研和基地；

王琳，自动化系主任助理

工作职责：分管研究生教学，协管宣传

李元龙，自动化系主任助理

工作职责：协管人事和国际化

王召健，自动化系主任助理

工作职责：协管学科建设、科研和基地

陈友仁，自动化系组织委员

工作职责：党总支的组织和建设