《复旦学报（医学版）》创刊于1956年6月，是由中华人民共和国教育部主管，复旦大学主办的综合性医药卫生类学术性核心期刊，主要刊登基础医学、临床医学、药学、预防医学等领域的以原创性研究为主的论文。

1956年6月，《上海医科大学学报》创刊。

据中国知网收录信息显示，1960年该刊由双月刊变更为半年刊。

据中国知网收录信息显示，1964年该刊由半年刊变更为季刊。

据中国知网收录信息显示，1978年该刊由季刊变更为半年刊。

据中国知网收录信息显示，1979年该刊由半年刊变更为双月刊。

2001年，该刊更名为《复旦学报（医学版）》。

2006年12月21日，《复旦学报（医学版）》第七届编委会成立大会召开。

2014年11月，该刊成为国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2016年6月28日，《复旦学报（医学版）》第八届编委会成立大会在治道楼八角厅召开。

《复旦学报（医学版）》主要设有述评、论著、实验研究报道、临床经验交流、方法技术、临床病理（例）讨论、讲座、综述、短篇报道、个案报告等栏目。

《复旦学报（医学版）》主要刊登基础医学、临床医学、药学、预防医学等领域的以原创性研究为主的论文。

《复旦学报（医学版）》主要读者对象是医药卫生领域的医疗和科研人员。

据2018年5月《复旦学报（医学版）》官网显示，《复旦学报（医学版）》第八届编委会共有编委54人，顾问3人。

编委：保志军、陈道峰、陈世耀、陈思锋、程训佳、迟放鲁、储以微、丁强、董健、董竞成、董强、傅华郭小毛、郝模、何纳、胡雁、华克勤、黄国英、黄志力、姜桦、阚海东、李瑞锡、卢洪洲、卢奕、陆利民、陆伟跃、吕飞舟、毛颖、钱菊英、强金伟、秦新裕、邵春林、孙兴怀、王春生、王国民、王坚、王彦青、项蕾红、徐丛剑、杨永华、叶定伟、余波、余金明、俞卓伟、曾蒙苏、张博恒、张文宏、赵世民、郑珊、周国民、周俭、周梁、朱虹光、朱蕾

顾问：葛均波、顾玉东、周良辅

2016年4月，美国编辑与写作专家Thomas A. Lang接受《复旦学报（医学版）》邀请，来到复旦大学上海医学院作了一场学术报告，Thomas A. Lang从学术界比较知名的几起学术不端丑闻讲起，就学术伦理和出版伦理进行了详细的描述，同时介绍了在做科研设计和学术研究时，如何处理好统计学问题，如何巧妙理解假设检验、统计效力、样本量计算等问题。

据2018年5月31日中国知网显示，《复旦学报（医学版）》出版文献共7339篇。

据2018年5月31日万方数据知识服务平台显示，《复旦学报（医学版）》载文量为3362。

据2018年5月31日中国知网显示，《复旦学报（医学版）》总被下载652059次、总被引34031次；（2017版）复合影响因子为0.974、（2017版）综合影响因子为0.816。

据2018年5月31日万方数据知识服务平台显示，《复旦学报（医学版）》被引量为18112、下载量为197550；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《复旦学报（医学版）》影响因子为1.21，在全部统计源期刊（6735种）中排692名。

据2018年5月《复旦学报（医学版）》官网显示，《复旦学报（医学版）》被荷兰爱思唯尔公司《斯高帕斯数据库》（Scopus）、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory，Ulrich PD）、美国EBSCO数据库、美国《生物学文摘（预评）》（BIOSIS Previews， BAP）、美国《化学文摘》（Chemical Abstracts， CA）、美国《剑桥科学文摘》（ProQuest CSA）、WHO西太平洋地区医学索引（The Western Pacific Region Index Medicus，WPRIM）、中国科学引文数据库（CSCD）核心库、中国科技论文与引文数据库、中国期刊全文数据库、中文科技期刊数据库、万方数据资源系统、中文核心期刊要目总览（1992年第一版、1996年第二版、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）等中国内外数据库收录。

2012年，《复旦学报（医学版）》被《复旦大学学位与研究生教育国内期刊指导目录》收录为权威期刊（A类）。

2010年11月，《复旦学报（医学版）》获得第三届中国高校精品科技期刊奖。

2017年10月31日，《复旦学报（医学版）》获得第四届中国精品科技期刊奖。

据2018年5月万方数据知识服务平台显示，《复旦学报（医学版）》是中国核心期刊。

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