研究所的办所宗旨是用在系统水平处理生物问题的新思路来研究生命现象，以达到进一步理解“什么是生命”这个21世纪重大的科学挑战。具体地说，对参与生物过程的生物分子、细胞、器官和活体(organism)同层次中的相互作用和各层次间相互作用所建立的多尺度、动态的复杂系统开展综合交叉性的研究，以达到上述目标的实现。在近一段时间内，研究所将集中力量在
神经干细胞分化的
系统生物学研究和植物成长发育系统生物学研究两个方面开展研究。同时，也逐步组织力量开展在纳米水平上的生物分子动力学和基于自然选择进化论的相关生物基本理论方面的研究。
研究所的办所方针是开放性。一方面努力把本所建成在上海大学校内进行交叉科学研究的平台，向全校各院系有志于从事交叉研究的老师开放，努力创造条件由他们单独或与所内人员联合进行科学研究，为提高学校整体水平做出贡献。另一方面积极地与国内外相关的研究机构建立广泛的学术联系，有重点地选择进行实质性合作研究单位。现在已经与美国孟山都公司、台湾中央大学系统生物和生物资讯研究所、中科院植物生理所以及中科院数学和系统科学院研究所建立了实质性研究联系，或共同开发研究项目，或是科研人员之间建立合作研究关系。通过努力，争取把研究所办成在国内外有一定影响、有特色的研究所。