上海市第三中级人民法院是根据党的十八届四中全会决定，在
上海铁路运输中级法院基础上加挂牌子设立的全国首家跨行政区划的人民法院。经最高人民法院批准，
上海市高级人民法院指定，依法管辖行政诉讼、走私、食品药品、环境资源、企业破产等案件。
上海市第三中级人民法院与
上海知识产权法院合署办公，内设机构16个，包括立案庭、刑庭、民庭、行政庭、审监庭、执行局等。
上海三中院承担了跨行政区划法院改革先行先试的任务，积极稳妥探索和推进改革，在案件管辖制度改革、立案登记制改革、司法责任制改革、以审判为中心的诉讼制度改革、行政诉讼释明制度改革、司法审查机制改革以及以信息化促进改革、提供便民诉讼服务等方面进行了有益探索，取得了阶段性成效，在服务平安上海、法治上海建设大局中发挥了跨行政区划法院的特殊作用。