上海市虹口区人民检察院是上海市虹口区境内的检察机关，检察长是孙军。
内设机构
第一检察部（普通犯罪检察部）
行使原侦查监督科、公诉科相关职能。 主要职能：主要负责侵犯公民人身权利、民主权利类犯罪、侵犯财产类犯罪（除第二检察部中六个罪名）、妨害社会管理秩序类犯罪的审查逮捕、公诉等诉讼职能及追捕、追诉、建议直诉、提出抗诉等监督职能。 下设检察官专业化办案组2个：网络犯罪检察官专业化办案组，专业办理计算机网络犯罪案件； 未成年人犯罪检察官专业化办案组，专业办理未成年人犯罪案件。专设老年人案件办理中心，专业办理老年人犯罪案件。
第二检察部（刑事诉讼监督部）
行使原侦查监督科、公诉科、社区检察科、各刑事检察部门的相关诉讼监督职能。 主要职能：负责办理危害国家安全、公共安全类犯罪、危害国防利益类犯罪案件的审查逮捕、公诉等诉讼职能及追捕、追诉、建议直诉、提出抗诉等监督职能。并负责对检察前终结诉讼案件的监督。
第三检察部（职务犯罪和商业犯罪检察部）
行使原侦查监督科、公诉科相关职能。 主要职能：负责贪污贿赂类犯罪、渎职类犯罪、侵犯财产类犯罪中六个罪名（即刑法分则第五章第266、271、272、273、276条及276条之一规定的诈骗罪、职务侵占罪、挪用资金罪、挪用特定款物罪、破坏生产经营罪及拒不支付劳动报酬罪）和生产销售伪劣商品类犯罪、走私类犯罪、妨害对公司、企业的管理秩序类犯罪、危害税收征管类犯罪、扰乱市场秩序类犯罪的审查逮捕、公诉等诉讼职能及追捕、追诉、建议直诉、提出抗诉等监督职能。 下设检察官专业化办案组1个： 职务犯罪检察官专业化办案组，专业办理职务犯罪案件。
第四检察部（刑事执行检察部）
行使原监所检察科、社区检察科相关职能。主要职能：负责对法院、公安及看守所、社区矫正等机关执行刑罚活动及强制措施执行活动的监督，羁押必要性审查工作，重大案件侦查终结前讯问合法性核查以及执行中罪犯又犯罪案件的审查逮捕、公诉等。 下设检察官专业化办案组1个： 羁押必要性审查检察官专业化办案组，负责羁押必要性审查及重大案件侦查终结前讯问合法性核查工作。
第五检察部（民事行政检察部）
行使原民事行政检察科相关职能。 主要职能：负责对生效民事、行政裁判进行监督，对民事、行政审判人员违法行为及执行活动进行监督，履行公益诉讼职能等。 下设检察官专业化办案组2个： 公益诉讼检察官专业化办案组，负责公益诉讼相关业务； 行政检察官专业化办案组，负责行政诉讼活动监督及审判人员在审判程序中存在的违法行为监督。
第六检察部（业务管理部）
行使原研究室、案件管理科、控告申诉检察科相关职能。 主要职能：主要负责检委会日常工作、法律政策研究、人民监督员工作，案件管理、流程监控、质量评查，司法办案用房管理，受理信访、申诉、控告，办理国家赔偿案件，开展司法救助，以及社区检察室日常管理、指导等。下设检察官专业化办案组1个：案件质量评价检察官专业化办案组。
第七检察部（金融检察部）
行使原航运（金融）检察科相关职能。 主要职能：负责办理破坏金融管理秩序类犯罪、金融诈骗类犯罪、侵犯知识产权类犯罪的审查逮捕、公诉等诉讼职能及追捕、追诉、建议直诉、提出抗诉等监督职能。 （负责办理水上、港口、金融、知识产权等领域犯罪的审查逮捕、公诉等诉讼职能及追捕、追诉、建议直诉、提出抗诉等监督职能。对办理案件中发现的新情况、新问题加强研究调研，并对所办理的案件加强综合治理防范。） 下设检察官专业化办案组3个： 金融犯罪检察官专业化办案组，专业办理金融犯罪案件； 航运犯罪检察官专业化办案组，专业办理水上、港口等领域相关犯罪案件； 知识产权犯罪检察官专业化办案组，专业办理知识产权犯罪案件。
办公室
行使原办公室职能。 主要职能：负责参与检察政务、办理检察事务、抓好重要工作的督促落实，做好文件起草、检察信息工作，联络人大代表、政协委员，以及档案管理、保密、检察宣传等日常工作。
政治部
行使原政治部职能。 主要职能：负责党建、队建工作，干部人事、检察人员职务序列管理、考核工作，检察教育培训工作，人事档案及信息管理、离退休干部职工管理工作，负责机关党委的日常工作，指导机关工、青、妇等群众组织开展工作等。
检务督察部
行使检务督察职能，在纪检监察机构改革前同时履行相关职能。 主要职能：负责对部门及检察人员遵章守纪情况、执法办案活动规范情况实施督查；参与对有关违规违纪案件的调查、审理；开展司法办案监督、检察官惩戒等工作。
检务保障部
合并行使原行政装备科、司法警察大队、检察技术科职能。 主要职能：负责检察机关行政装备、物资、财务管理保障工作，勘验、鉴定等检察技术应用，司法警力调配、使用，计算机系统和网络运行的维护管理工作等。
公益诉讼检察室
依法受理公益诉讼线索举报，排摸、收集、研判公益诉讼案件线索，进行现场勘查；立案办理辖区内行政公益诉讼案件，依法进行磋商，磋商不成的及时制发诉前检察建议；督促辖区内行政机关反馈履职整改情况，对制发诉前检察建议后仍未依法履职的提起行政公益诉讼，并出庭维护公益；立案办理刑事附带民事公益诉讼案件和指定管辖的民事公益诉讼案件，履行诉前程序，依法提起诉讼，出庭维护公益；开展技术调查及其他方面的调查核实工作，提供法律咨询，通过督促起诉、支持起诉等维护公益；对接区相关行政机关，以及街道、镇相关机构，推动依法治区工作；组织开展公益诉讼宣传教育工作。
现任领导
党组成员、副检察长：崔晓丽
党组成员、副检察长：孔雁
副检察长：杨建锋
党组成员、副检察长：陈卫民
党组成员、上海市虹口区纪委监委派驻第九纪检监察组组长：张捷
政治部主任，党组成员：徐丹丹
所获荣誉
2021年8月，上海市虹口区人民检察院第一检察部被命名为“第20届全国青年文明号“。
2023年11月，被人力资源社会保障部、最高人民检察院表彰为“全国模范检察院”。