上海市虹口区疾病预防控制中心于1999年12月在原虹口区卫生防疫站的基础上组建，是隶属于
虹口区卫生局的卫生事业单位。承担辖区内疾病预防控制、监测、研究；各类人群的免疫预防接种；细菌、
理化检验与卫生评价；防病技术培训。
健康教育与健康促进；健康保健与业务咨询；预防性体检；并且提供各类场所的杀虫、消毒技术服务。根据流行病调查方法为
卫生行政部门提供疾病防治相关建议和制定辖区内疾病预防、健康促进的工作计划 ；指导和组织督促基层卫生医疗机构开展工作；并负责辖区内疾病预防控制工作的技术培训指导；依托较先进的检验检测仪器设备开展预防医学应用性科学研究 ；完成卫生行政部门交给的其他工作任务。
自1983年以来，经市
卫生防疫站（现改名为市疾病预防控制中心）的业务考核评比，成绩一直名列前茅，连续14年被评为优秀。在此期间1985-1986年被评为市精神文明单位，1986年被卫生部命名为上海市先进集体，连续12年被评为区级文明单位，2000?2001年又被评为上海市卫生系统精神文明先进单位,并且在区卫生局各项目标管理考核中连续多年名列前茅。
中心内各门类档案为中心的各项管理工作、为中心领导的决策，科研等工作发挥了重要的作用。1997年10月中心通过了上海市科技事业单位档案管理市级先进单位的考评,1998年12月又通过科技事业单位档案管理国家二级先进的评审。
该中心在全市率先建立慢性病防治科，率先开展辖区内肿瘤、脑卒中、高血压、冠心病事件/心梗的报病、监测和干预工作并开发了上述疾病信息的计算机软件，在全区投入使用，使慢性病管理实现计算机化。特别是2000年经市有关专家组的严格考评，被授予直接进入第二个三年研究周期的殊荣。