1957年3月，由苏宗赋、杨祥富、李锡庚、张源锟等发起的上海市道教协会筹委员会宣告成立。上海市道教协会在1985年正式成立 .
1985年4月22日，上海市道教协会第一次代表大会在上海白云观召开，出席代表105人。大会审议通过了《上海市道教协会筹委会工作报告》、《上海市道教协会章程》。选出第一届理事会理事42人，常务理事15人。李锡庚当选为会长，陈莲笙、苏宗赋、张文希、潘雨廷当选为副会长，陈莲笙兼秘书长。
1989年11月15日，上海市道教协会第三次理事会决议，免去李锡庚会长职务，由副会长苏宗赋主持工作。1990年11月26日，上海市道教协会第二次代表大会在上海白云观召开，出席代表136人。大会修改通过了《上海市道教协会章程》，选举产生第二届理事会理事48人，常务理事19人。陈莲笙当选为会长兼秘书长，苏宗赋、张文希、潘雨廷当选为副会长。
1995年6月14日，上海市道教协会第三次代表会议在上海白云观召开，出席代表138人。大会审议通过了《上海市道教协会第二届理事会工作报告》，修改通过了《上海市道教协会章程》。选举产生第三届理事51人，常务理事24人。陈莲笙再次当选为会长，苏宗赋、张文希、张源荣当选为副会长，史孝进为秘书长。
1999年10月，上海市道教协会召开第四次代表会议，选举产生第四届理事50人，常务理事26人。史孝进当选为会长，丁常云、吉宏忠、戴敦邦当选为副会长，吉宏忠兼任秘书长。
2005年8月，上海市道教协会召开第五次代表会议，选举产生第五届理事55人，常务理事32人。聘请陈莲笙为名誉会长。史孝进当选为会长。丁常云、吉宏忠、戴郭邦、姚树良、刘巧林当选为副会长，吉宏忠兼任秘书长。
2011年7月，吉宏忠道长在会上当选为第六届上海市道教协会会长。
中国道教协会副会长张继禹道长出席会议。
2019年11月，《国家级非物质文化遗产代表性项目保护单位名单》公布，上海市道教协会获得“道教音乐（
上海道教音乐）”项目保护单位资格。