上海河口海岸科学研究中心成立于1998年6月9日，原名为交通部长江口深水航道科学试验中心，2000年1月更名为交通部科学研究院河口海岸科学研究中心，2005年6月改为现名。“研究中心”是交通部设在上海的河口海岸工程和港口航道工程研究基地，所属河口实验室1999年被交通部评定为首批部重点实验室，2005年被经评估认定更名为河口海岸交通行业重点实验室。

“研究中心”设有河口与航道工程研究室、数值模拟技术研究室、水文信息室、工程勘测室、海岸与港口工程研究室、环境工程研究室、中心实验室等七个业务部门及科研开发处、综合处、财务处等三个管理部门。拥有物理模型试验大厅3座，自主研发数模软件1套，国际知名商业软件1套、波浪港池1座、风浪流水槽1座、近底水沙三脚架观测系统5套，可以从事潮流、泥沙、波浪等相关观测、计算和试验研究及咨询。

“研究中心”将充分发挥在大型河口海岸工程研究方面的技术优势，成为长江口深水航道工程的坚强技术支撑，并逐步建设成为长江口水域工程泥沙方面的权威研究机构，成为河口海岸资源与环境领域的科技创新平台，成为国内一流、国际知名的河口海岸工程研究基地。