上海理工大学基础学院创办于1997年12月，由上海理工大学生与原
南汇县（2009年划入浦东新区）人民政府签约，合作共建上海理工大学基础学院，即拱极路校区。2013年9月，基础学院从拱极路校区整体搬迁至
杨浦区1100号校区。自成立以来，学院主要承担学校大一新生的教学管理、学生事务、思想政治教育及综合素质培养等工作。
2019年9月，学校实施大类招生及培养，2400余名学生进入基础学院学习，不再带有明确的专业归属。从2020级起，将全部大一新生（中外合作办学除外）划归基础学院进行一年制的集中教育与管理。基础学院2023级学生规模达3500余人，分军工路1100号与军工路516号两个校区就读，其中军工路1100号校区包括：工科实验班（智能化制造类）、工科实验班（电子与信息类）、工科实验班（医理工综合类）等3个大类共约2300余人，以及少数民族预科生近60人；军工路516号校区包括：理科试验班、经济管理试验班、新闻传播学类、设计学类、德语、日语、英语等7个大类、专业共约1100余人。