在传承我院“
邓小平理论”和“中国特色社会主义理论”研究特色的基础上，致力于中国马克思主义研究的系统性、国际性和实践性：中马所一方面着力于从学术的高度和深度来探索中国马克思主义的基础理论，以建构中国化的马克思主义的学科体系；另一方面，则着力于从智库的宽度和广度来建设院“
邓小平理论研究中心”和上海市中国特色社会主义理论研究中心办公室，加强马克思主义研究与其他专业的合作，以回应当代中国重大的理论与实际问题的研究，凝聚我院乃至引领全市的中国马克思主义与当代中国重大理论与实际问题研究队伍，使之成为：（1）中国马克思主义研究领域国内外的重镇；（2）当代中国主流意识形态研究的重要机构；（3）上海重大理论与实际问题研究的平台；（4）青年中国马克思主义研究人才的培养基地。
中马所现设有四室两平台一部一办，即当代中国马克思主义研究室、中国特色社会主义理论研究室、意识形态与文化研究室、中外马克思主义比较研究室；邓小平理论研究中心、上海市中特理论研究中心办公室、《毛泽东邓小平理论研究》编辑部和行政办公室；中马所拥有马克思主义中国化研究博士学位和硕士学位授予点、上海社科创新基地（中国特色社会主义研究方向）、院马克思主义理论研究重点学科。中马所现有在职人员17人，其中研究员7人，副研究员5人，实习研究员与助理研究员4人。