上海自然科学研究所，民国20年（1931年）4月在上海成立，地址在法租界西南端祁齐路320号。该所由日本政府用庚子赔款等项目设立，名义上由中国、日本学者共同组成，实际由日方完全控制，是日本侵华的一个科研机构。

日本政府在第四十六届议会上提出了对中国文化事业的特别会计法律案，准备拿出一部分赔偿金，作为文化事业的投入。事业的核心是在上海建立自然科学研究所以及在北京设立人文科学研究所和图书馆。日本政府在第四十九届临时议会（1923年）上宣布为了这个新建筑物的建造，决定从1923～1929年间拨出经费总额为535万元，作为协助施行的费用。同年9月外务省派遣朝风冈事务官到上海，和当时的驻上海总领事矢田七太郎一同着手准备研究所的场地购买工作。另一方面，支那文化事业调查会委员大河内博士依专家的观点，对场地进行了实地考察。同年12月买下了位于法租界徐家汇路和祁齐路的交叉点的大约55亩（11000坪）的土地，又于民国14年（1925年）春天，补买了邻接的土地400坪。在民国16年2月买下了邻接的毛拉氏拥有的土地约45亩（约9000坪），获得了足够多的场地。

研究所正馆的建筑设计以伊东忠太和内田祥三两位博士为主，在入泽、山崎和大河内等3位博士的参与指正下较快地完成了大体上的设计。由新林记建筑事务所建造。上海自然科学研究所创设初期，成立中日两国委员联合大会。

日本方面的委员：子爵大河内正敏、山崎直方、岸上鎌吉、新城新藏、入泽达吉、林春雄、庆松胜在衡门、矢田七太郎、濑川浅之进。中国方面的委员：秦汾、郑贞文、胡敦复、伍连往、余严、章鸿剑、文元模、朱家骅、谢应瑞、严智钟。

民国14年12月，东方文化事业上海委员会在上海召开第一次全会，中国委员严智钟被全场一致推举为临时委员长。接着，通过了上海委员会章程。决定由上海自然科学研究所组织大纲，这对于研究所的设立，踏出了具体的更大的步伐。之后，自然科学研究所进入了预备研究阶段，决定了研究事项及其主要负责人，

中药的研究 庆松委员（日）一余严（中）

重力及地磁气的测定 新城委员（日）一文元模（中）

杨子江鱼类生物学的测定 岸上委员（日）一严智钟（中）

杨子江以南地区的地质学的研究 山崎委员（日）一章鸿剑（中）

天然无机化合物的规律的研究 片山委员（日）一郑贞文（中）

中国的发酵菌类及发酵制品的研究 片山委员（日）一郑贞文（中）

关于中国流行病、地方病的调查研究 林委员（日）一谢应瑞（中）

在上海自然科学研究所诞生过程中，日本加快了对华侵略战争，鉴于时局的恶化，已经公开宣布的研究所的开张仪式停止举行。医学博士横手千代之助于民国20年4月1日就任第一任的所长，为了尊重上海委员会第一届总会的决议——推举中国人担任所长，在日本人的所长前面加上“署理”2个字。这个署理所长的名称，从横手所长时代开始使用，一直延续到第二任所长、理学博士新成新藏所长任期内，以后由上海委员会决定改称所长。在横手所长就任的同时，原先从事各项预备研究工作的人员以及新近被录取的人员全部于4月1日被任命为研究所的职员，其中研究员14人，主事1人，副主事1人，助手10人，书记3人，雇员6人，并进行了所员的强化和补充工作。到了6月末，职员全部开始工作，馆内的各研究室、工场、图书室、讲堂、贵宾室、应接室、事物室的机械器具、图书以及其他各种设备，也已安排妥当。

民国22年，研究所全部开展了研究工作。同年秋天，伪满蒙学术调查团动员研究所参加，所地质学科研究员参加了这个团体，并担负了对热河地区的调查工作。所的物理学科研究员参加了民国23年在罗索兹岛上因发生日食而组织的日食观测团。

建所的时候，曾计划派遣所员赴欧美学习深造，因时局的关系拖后了。到民国23年逐渐开始派遣活动，每年1名，留学时间是1年。

民国23年10月2～6日，在南京召开第九次远东热带病学会会议，横手所长带领6名所员出席了会议，并分别进行了学术演讲。民国24年8月11～15日，在广西省南宁召开中国科学社第二十次会议、中国工程师学会第五次会议、中国化学学会第三次会议、中国地理学会第二次会议、中国动物学会第二次会议、中国植物学会第三次会议的联合大会，所物理、生物、卫生医药等各学科研究员5人在大会上进行了学术报告。同年11月，在广东召开的中华医学学会第三届大会上，所卫生学研究室2名研究员出席并做了演讲。

民国25年2月26日，前京都大学校长、京都大学名誉教授、东方文化事业上海委员会委员新藏理学博士就任第二任上海自然科学研究所所长之职。

同年6月17日发生日食时，7名物理学科科员在所长的指挥之下，在呼玛、齐齐哈尔以及沈阳3个地方观测地磁气和地电流的变化情况；化学学科研究员从7月份开始，花了大约6个月的时间到四川进行旅行调查；地质学科研究员用了大约3个月的时间，从事中国北方调查旅行。

这一时期，自然科学研究所主要开展了如下工作。

（1）占领地区内的图书、文件的接收、保管工作，主要由事务所所员为主；

（2）占领区内的学术标本的接收、保管，由地质、生物等学科科员来担任；

（3）占领地区的医事关系，由病理、卫生、细菌等各个学科科员在所有的方面协助；

（4）所先后派了7名委员，参加上海临时防疫委员会最初活动，即进行预防注射；

（5）与地面防疫相呼应，对海上船舶的检疫，以细菌学方面的人员为主；

（6）棉花的改良试培，由肥田研究员负责在浦东农场开展试培工作；

（7）对中国中部的河流的水位、气象的调查，由物理学科科员参加；

（8）兽医部的细菌检查，细菌学科的科员协助工作；

（9）接受化学试验的操作任务，由化学、生物医药学科的科员担任；

（10）参与中国文化教育调查及整理；

（11）电离层的测定，受海军技术研究所的委托，由物理学科科员来担当；

（12）衣、粮、药剂方面，由与药剂有关的生物医药学科科员来担当。

民国28年以后，研究所为配合日本政府及军方的侵略工作，进行了9次调查工作，即关于矿物资源的调查；关于供给水的调查；关于医疗防疫的调查；关于动物兽疫的调查；关于气象的调查；关于陆、水地磁气的调查；关于植物、森林的调查；关于外国权益的调查；关于各种文化事业的调查。

以后研究所的宗旨也从原来的学理探求而又增加了应用方面的研究，废除研究所中的医学部、理学部的称号，扩大研究员行列中工学、农学出身的人员比例，主张在人员方面、研究课题实行重点倾斜的方针。从国家最需要解决的有关地方病的各个问题和有关矿产资源的各个问题考虑，准备从各个方面研究其发展计划，设置了地方病调查委员会和矿产资源调查委员会。前者包括病理、卫生、细菌、药物、生物、物理、化学等各个学科的研究员，后者包括地质、物理、化学、药物、生物等各个学科的研究员。地方病调查委员会又分为疟疾研究委员会、黑热病研究委员会、寄生虫调查研究委员会、长江风湿病研究委员会、滤过性病原体性疾病调查研究委员会等。矿产资源调查委员会又进一步分为煤炭调查研究委员会、萤石调查研究委员会等。除了这两个调查委员会之外，农产品调查委员会、水产品调查委员会、治理河流委员会、中药调查委员会、电波研究委员会也各按计划展开了工作。

民国34年日本战败，9月中央研究院部分研究所迁沪，并接办自然科学研究所。

为了向广大学界人士介绍研究所的研究成果，发行两种机关报，即《上海自然科学研究室简报（简称简报）》和《上海自然科学研究所日报（简称日报、英文或日文出版）》，向日本、中国、欧美及其他各国的主要学术研究团体、大学、图书馆和学会公布。同时，作为参考的出版物有：《中国文化情报》、《中国杂志目录索引》、《本研究所图书杂志分类目录及增补篇目》。

物理学科日本方面的委员是新城新藏博士，中国委员是北京大学理学院院长文元模。物理学科占有一层8室（面积240平方米）及第五层的3室及第四层的1室（面积110平方米）。此外，还决定设立地磁气室、子午仪室、上观测屋（设望远镜）、重力测定室、列品室。根据新城新藏委员的建议，学科的研究首先进行对大陆的生理力、地磁气、经纬度的测量。

民国20年研究所正式成立后，学科正式任命速水颂一郎、东中秀雄为研究员。

民国21～23年，主要进行的研究有：在伪满洲及日本进行地磁气的测量；就扬子江的水位、流速等进行研究；观测日食中的地磁气的变化；小行星的轨道调查等，取得了一些有价值的成果，尤其在一些研究课题中引入了微分方程式而令世人瞩目。

民国24年，新城新藏所长接替了原所长，并兼任物理学科的研究员。学科除了继续以上的一些研究课题外，主要的研究有：黄河流路变迁原因的研究；测定淄川等3处的地磁气异常和淄川的重力偏差，以及由此带来的一系列问题诸如：地质构造、带磁的原因，是否有铁矿，五台系的褶曲状态的研究；与日食、地磁气问题有关联的电离层的研究；实施对茂山进行磁力探矿的工作；受中部派遣军参谋部的委托，进行经纬度的测量等等。同期，加强了与中国及欧美学界的联系，进行了一系列学术交流，促进学科研究工作。

化学学科是属理学部中的一个学科，筹建工作的委员是郑贞文和片山正夫教授。

民国20年，学科职员选定。民国21年，设备的安置等杂务基本完成，正式研究时代开始。同年7月，冈田、张定钊前往山东采集放射性锆石、钠闪石及其火成岩的标本。民国22年，研究人员前往河北、察哈尔、山西三省采集黄土及火成岩标本，以后又数次前往。民国23年，冈田在浙江省杭州附近发现萤石，第二年即开始了大规模的收集等。为了达到研究目的，学科采取的第一种措施就是就地取材进行研究。例如，采集所内浅井水，进行放射性测定等。第二就是依靠官方和各企业支援的实验品进行研究，拓展了研究范围。学科还实行分工负责制，合田负责放射能测定；张定钊负责分光分析；冈田负责X光测定，由于各人负责的都是自己的专长，因此在研究上取得了一些建树。

本学科在注重科学研究的同时，也很注意与中国及欧美学界的交往，互赠标本，进行学术交流等，为学科的顺利发展提供了便利条件。

生物学科的第一任委员是岸上鎌吉博士，由于他于民国18年去世，由矢部吉祯教授继续领导各项准备工作。民国20年研究所建立之初，学科设置了5个研究室。

鱼类研究室

该室在预备时期即已在岸上委员的指挥下开始进行扬子江鱼类以及其他淡水生物的调查。民国16～18年，他3次赴扬子江进行实地调查。当时采集的标本，由木村重整理、研究，在民国23年用中文（《简报》）、英文（《日报》）发表成果报告。此外，鱼类研究室还进行了其他课题的研究，如木村对中国以及伪满洲的淡水鱼类、其他淡水动物的分类学或生态学的研究；富山进行的中支海产以及淡水产水产物的研究等，都取得了一些研究成果。

昆虫学研究室

研究室创立以来由大内义郎负责。因设备以及事变等原因，正式研究始于民国21年4月，一方面进行综合研究，另一方面努力激起学界对这方面研究的关心。

动物生理学研究室

研究室创设以来由富田军二负责。动物生理学不论是对中国还是日本都比较新颖，其研究范围很广，进行的研究有纤毛运动生理学研究、鱼类色素细胞生理学研究等。

植物生理学研究室

研究室以菌类的生理学研究为主，就有关中国丝状菌的代谢生理进行研究，由肥田负责，并进行棉花的研究。此外，研究室进行以有用菌类的检索、分离和利用为主的基础研究。

植物分类学研究室

研究室创立以来由御江久夫负责。主要课题是《中国产显花植物的分类学的研究》，研究范围仅仅局限于扬子江下游的数省和福建省的一部分。

民国20年学科共有4位职员：清水三郎、富田达、尾崎金右卫门和佐藤舍三，以后又有小幡忠宏加盟，学科分为层位学研究室和岩石学研究室。

民国27年以后，学科的几位主要研究员清水、富田、佐藤等相继离所，代替他们的是渡边新六、岛仓乙三郎等4人。学科以调查资料为基础而编纂的《中国矿产地一览》一书则意外地受到各方面的欢迎，在朝鲜等地进行大量研究调查，取得丰富的成果。民国20～30年，学科在研究所外发表的研究报告达到73篇，其中富田达的论文29篇，清水三郎发表24篇报告。

学科设立之初，主任研究员是水野礼司，科员有小宫义孝、川名浩、杨述祖、陶炽孙等人。小宫与陶氏负责卫生研究室；水野、川名负责病理解剖学；杨述祖负责寄生虫学。计划研究的题目为《血液循环系统的报告》、《寄生虫的研究》、《生态统计以及天然豆的调查》。

民国23年3月，杨述祖赴绍兴、萧山、杭州等地调查肥大吸虫病，回来以后陆续发表《对组织细菌的反应》等几篇有价值的论文；水野在汉口考察一些村庄发生的流行病；在所内，水野、杨氏和萧氏等发表了《正常中国人的血液图像（第一回报告）》等论文。

民国18年，由当时昭和医专的细菌学教授春日健造（陆军军医少将）负责学科开设的各项准备工作。

建所之初，研究员是横手所长、押尾乾夫，后又增加黑屋政彦和井村孝。在此期间，取得的成果有：在本研究所的刊物上发表了有关霍乱及赤痢菌型的3篇论文，有关结核病的3篇论文以及有关细菌化学的3篇论文。民国23年10月，黑屋及井村孝出席在南京召开的远东热带病会议，并作了演讲。

民国26年，研究事业得到继续发展，其中有守山、大桥等的关于过滤性病原体等的研究报告，西村的关于霍乱菌体内毒素的研究报告等。

在决定创立上海自然科学研究所的筹备大纲中并不设置卫生学科。民国20年9月由第一任署理所长、当时东京帝国大学卫生学教授横手千代之决定设立，并任命东大卫生学教室值勤小宫义孝为创立准备员。

在研究所建所之初，其开设还只是个形式，学科实际只是病理学科内的卫生学研究室。在研究上突出三个主要方面，即研究中国地下风土的环境对居民健康的影响；对在中国居住特别是中国人的生活状态的社会卫生学乃至生态统计学的研究；对在中国居住特别是中国人的体格、体力及作业能力进行研究，尤以第三方面为主，上海事变前完成了此项研究。民国22年开始寄生虫的研究，首先调查中国中部特别是上海地区的寄生虫蔓延状况。以日本和华人学虫、一般民众的感染状况、对家畜的感染状况为主进行调查，此外，由病理学科病理解剖研究室的川名浩协同，进行有关在扬子江流域蔓延的有关肝脏肝蛭的研究。

学科预备研究时期约2～3年，借用东大医学部药学科的一间实验室进行研究。预备研究是从研究中药开始的，民国17年仅中尾博士和曾广方2名研究人员，此后又逐渐加入了青柳贤一等数人。此阶段主要成果有：出版了中尾、木村共同编著的中药照片集成第一辑；以中尾、曾广方、袁淑范3人名义发表了约150种中药的实验结果。研究所正式竣工之后，生药学科下设研究员3人：中尾、曾广方、木村康一；助手：福岛忠胜、杨毅、汪良寄共6名职员。学科事项由庆松胜左卫门和余严共同协商决定。

建所后1年多时间内因设备以及事变等原因，几乎没有时间从事实验。直到民国21年后，研究才真正开始，进行了芜花的结晶成分的研究等项目，研究成果有：中尾、曾广方发表共同编写的《芜花的结晶成分》（第一份报告和第二份报告）及《简芜花素构造法》报告；中尾、福岛共同编写的《中药丹参成分的研究》；在日本药学杂志发表汪良寄的《有关九香虫油的研究》；曾广方完成中药芜花新成分“芜花素”的人工合成。