上海铁路运输中级法院成立于1982年5月1日，2012年7月1日根据中央司法体制改革的部署，脱离原铁路企业管理模式，纳入国家统一司法体系，实行上海市地方管理，由上海市委领导，受上海市人大及其常委会监督。
上海铁路运输中级法院成立于1982年5月1日，2012年7月1日，根据中央司法体制改革的部署，脱离原铁路企业管理模式，纳入国家统一司法体系，实行上海市地方管理，由上海市委领导，受上海市人大及其常委会监督。2014年12月28日，
上海市第三中级人民法院在上海铁路运输中级法院基础上加挂牌子设立全国首家跨行政区划的人民法院。
2012年7月，最高人民法院下发司法解释《关于铁路运输法院案件管辖范围的若干规定》，上海铁路运输中级法院依法管辖上海铁路局辖区内的重大刑事、民事一审案件和上海、杭州、南京、徐州、合肥五个铁路运输法院审理的涉铁路案件的二审案件。经最高人民法院批准，上海市高级人民法院对上海铁路两级法院受理指定管辖案件正式批复，从2013年9月26日起，上海铁路运输法院依法受理上海市轨道交通运营区域内发生的民事一审案件、上海市公安局交警高架支队管辖区域内发生的道路交通事故引起的人身、财产损害赔偿一审案件，以及上海市轨道交通运营区域内发生的行政一审案件；上海铁路运输中级法院依法受理对上述一审案件提起的上诉案件，以及上海市北新泾监狱刑事减刑、假释案件。经上海市高级人民法院、上海市人民检察院和上海市公安局协调，调整轨道交通运营区域内刑事案件管辖范围，从2014年3月1日起，由上海市公安局城市轨道和公交总队办理的刑事案件，由铁路法院管辖。