《上海风云之危城岁月》是1989年出品的电视剧，为《上海风云之争雄岁月》续集，由袁仁康执导，郑少秋、叶玉卿、张敏等主演。

又是二十余年过去，马啸天在上海滩已是权及一时的大人物，而且和法国领事有着极好的关系。他的五个孩子也都长大成人。老大马一文成熟稳重，老二马一武冲动要强，老三马一全处事圆滑，老四马一才懦弱胆小，养女马一梅（吴茜薇饰）仍是纯真少年。

老四马一才为了向父亲证明他的能力，不幸掉进马的对手设下的陷阱，在马面前开枪自杀。马啸天找到凶手为儿子报了仇。

由法国来了一位少女叶敏（张敏饰），她是孙小东托马啸天照顾的。在和马啸天相处的过程中她对马渐生情愫，而马也对她颇有好感。和小敏同一时间来到上海滩的还有一位名叫宫本有和的日本人。他一开始就努力接近马家。

一文与一武同时喜欢上一个叫悦红的女子，此女周旋与二人间并挑拨两人关系，在答应老大的求婚后仍和老二纠缠不清。在婚礼上酒醉的一武和一文打了起来，一武无意开枪打死了一文，而马啸天为了使二儿子免受牢狱之苦替他隐瞒真相。然而，后来在准备和悦红的私奔中，马一武和悦红双双死于乱枪下，原来这一切都是宫本有和策划的，他是原来曹学如情妇在日本产下的儿子，父亲是日本大将。他听从母亲的话回上海复仇。悦红是宫本有和布下的棋子。与此同时宫本有和全力追求马一梅，虽然他钟情于小敏。

小敏离开马啸天自己开了家时装店，但马啸天仍然暗中帮助。马由于心中忘不掉亡妻和孙小东，所以一直都对小敏以礼相待，使小敏很伤心。

马一梅一次巧遇一老人（被宫本有和买通了），向她讲诉了二十几年前郑成斌是被马啸天推下悬崖摔死的，而马为了让良心好过所以才收养了郑的女儿，也就是她。马一梅误信老人的话，回家向马质问，马向她说出实情，一梅无法接受这一事实。她离家出走住到了宫本有和处。马啸天此时已经调查清楚宫本有和来者不善，但却没办法阻止一梅的离去。一梅一次听到宫本有和与手下的对话得知被他利用，但却没法逃离他。马啸天终于救出一梅，一梅虽然原谅了马啸天，但仍感无法和他长住，决定出国留学。

曹情妇也回到了上海，和马啸天见过一面后，决定劝宫本放弃复仇，但被宫本拒绝，因为他不甘心输给马啸天而且誓要得到小敏。小敏终无法忍受马啸天的礼待而决定离开上海，马才发现小敏对他的重要，赶到火车站用结婚戒指挽留住她。

好象是有情人终成眷属，但在他们的订婚宴上孙小冬突然从法国回到上海，马啸天面对新情旧爱无法抉择。而宫本加快了复仇的步伐，无奈被马啸天识穿并且生擒。在马啸天准备杀他为儿子报仇时，曹情妇赶到说出其实宫本是她和马那一夜情后产下的，她在日本的丈夫根本不能有孩子。马啸天无法下手，便把宫本关了起来，但给他装死逃跑掉。

在大家都以为宫本有和已死，他却回过头来趁马啸天不在家时，杀死了福生的妻子和一全，马啸天回家后看到满目狼籍和被绑满炸弹的一全，为使马啸天不受伤害，天赐舍身相救，马啸天看着忠仆的儿子被硝烟所吞没。而跟随他多年的忠仆福生也因报仇未果而粉身碎骨。

宫本下了战书约马啸天一对一决斗。马啸天前往应战，获胜后却因亲情放了宫本。宫本回到军营遭到上司冷眼，原来他们已经得知宫本父不能有后代，他不过是个汉人，上司决定逐走宫本，宫本从小受日本的教育影响，宁死也要做日本人，在日本旗下切腹自尽。

孙小冬为了小敏的幸福离开马啸天，马啸天前往码头相送。然而不久后小敏也要离开他，小敏知道马啸天一直深爱着小东不愿作她的代替品，同一码头马啸天又送走了小敏。

黄昏的上海滩，失去所有亲人的马啸天孤身走到江边，把一直贴身珍藏、象征回忆的怀表丢入黄浦江中。