上清寺，在很长一段时间内该庙香火旺盛，众多善男信女前来朝拜，也因为地处
嘉陵江边，得舟楫之便，许多商人开始在此销售石灰、柴草、家畜等生活物资，这里逐渐形成了一个交易场所，日益繁盛起来。
后来，“三清庙”改名为“上清寺”，人们开始用“上清寺”这个称谓来称呼这一地区，于是“上清寺”便逐渐成为这一带的总称，并沿用至今。1924年，四川督军
熊克武率部退出四川，四川境内形成各地军阀混战的局面。
同年，川军
刘湘赶走了贵州军
袁祖铭，占据了上清寺地区。第二年，袁祖铭所率的部队卷土重来，想重新占领该地，于是不可避免地与刘湘一部在这一带发生了大规模的冲突，上清寺内的神像在这场混战中被销毁了大半，自此，一度鼎盛的上清寺从此开始了它的没落之路。在
抗日战争时期，国民党政府警察局上清寺分驻所还曾将庙堂重新装修作为公用，甚至解放后，邮政局又把这里当作二食堂。
但随着
十年浩劫的到来，全国范围内兴起的“打倒牛鬼蛇神”运动开始疯狂地拆毁一切古建筑，而这座寺庙也终难逃厄运。直到如今，上清寺就只剩下一个虚名而已了。