上饶市第二人民医院是一所集医疗、教学、科研为一体的以传染病专科为特色医院。

2024 年上饶市第二人民医院内设处室10 个，包括：办公室、财务科、医保办、医务科、药剂科、院感科、护理部、质控科、设备科、总务科（保卫科）。编制人数小计 244 人，其中：部分补助事业编制人数244人。

预防保健科 /呼吸内科专业 | 消化内科专业 | 神经内科专业 | 心血管内科专业 | 内分泌专业 /普通外科专业 | 骨科专业 | 泌尿外科专业 /儿科 | 新生儿专业 | 小儿传染病专业 | 小儿消化专业 | 小儿呼吸专业 /口腔科 | 牙体牙髓病专业(门诊) | 口腔颌面外科专业(门诊) /传染科 | 肠道传染病专业 | 呼吸道传染病专业 | 肝炎专业 | 虫媒传染病专业 | 动物源性传染病专业 | 蠕虫病专业 /结核病科 /急诊医学科 /麻醉科 /重症医学科(床位数24张) /医学检验科 | 临床体液、血液专业 | 临床微生物学专业 | 临床化学检验专业 | 临床免疫、血清学专业 | 临床细胞分子遗传学专业 /病理科 /医学影像科 | X线诊断专业 | CT诊断专业 | 超声诊断专业 | 心电诊断专业 /中医科 | 内科专业 | 外科专业 | 妇产科专业 | 儿科专业 | 肛肠科专业 | 针灸科专业 | 推拿科专业 | 康复医学专业 /中西医结合科

2020年12月30日，获评“江西省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。