不完全双列杂交是指把供试纯育亲本按试验要求分为两组，只进行组间杂交，不进行组内杂交。当一组亲本数为n时，另一组亲本为m时，共有mn个组合，称为不完全双列杂交，又称NC Ⅱ设计。
示例数据
数据见作物数量遗传学基础——六、配合力:不完全双列杂交这篇文章的数据，用GenStat软件进行处理。
计算方法
把亲本和交互作用当成固定效应
计算一般配合力和特殊配合力，计算方差显著性，这两组亲本的效应值为一般配合力，两亲本交互作用的效应值为特殊配合力。
将亲本和交互作用当成随机效应
计算方差组分、遗传方差组分、
广义遗传率、狭义遗传率。