不等鞭毛门（学名：Heterokontophyta）是一类真核生物。多数属于藻类，大至多细胞的大型海草，小至单细胞各种浮游硅藻。这些藻类拥有叶绿体。
简介
不等鞭毛门（学名：Heterokontophyta）是真核生物的主线，已知的下辖物种超过10万个品种，当中大多数属于单细胞的硅藻纲 。大至多细胞的大型海草，小至单细胞的各种浮游硅藻。这些藻类拥有叶绿体。其他值得注意的成员还有寄生性的卵菌纲，是不少植物性瘟疫的元凶，如爱尔兰马铃薯饥荒及近日的橡树突然死亡，都是由卵菌纲生物引起的。
下属纲
一、有色类（藻类生物）
1、Actihrysophyceae（axodines）
2、硅藻纲（Bacillariophyceae）
3、Bolidophyceae
4、金藻纲（Chrysophyceae）
5、大眼藻纲（Eustigmatophyceae）
6、Pelagophyceae
7、褐藻纲（Phaeophyceae）
8、Phaeothamniophyceae
9、绿胞藻纲（Raphidophyte或Chloromonadophyceae）
10、Synurophyceae
11、黄绿藻纲（Xanthophyceae）
二、无色类（真菌类生物）
1、Bicosoecea
2、丝壶菌纲（Hyphochytridiomycetes）
3、Labyrinthulomycetes（slimenets）
4、卵菌纲（Oomycetes）
5、Opalinea
6、Proteromonadea
7、芽囊原虫纲（Blastocystis）