专门档案是指机关、团体、企业、事业单位及其他社会组织（以下简称“单位”），在从事某些专业性较强的活动中，为了实现相关职能目标而形成和使用的，具有查考、利用和保存价值并按照专门的管理办法整理归档的各种载体形态的历史记录。
档案分类的一个基本类型。在某些专业性强的业务活动中产生，有特定的
文件名称和格式，并按照专门的管理办法整理归档的文件材料的总称。世界上很多国家没有专门档案这一概念，有些国家把它作为档案总分类的一大门类。
苏联1935年出版的 Г.A.克雅捷夫所著《档案工作的理论与技术》和1946年出版的К.Г.米加耶夫所著《档案工作的理论与实践》(教材)，都把
档案馆保存的公务文件划分为普通(或一般)的和专门的两种。普通(或一般)文件是指国家机关一般活动中通用的文件；专门文件包括会计核算、统计、军事、司法、公证、人事等方面专用的文件。
中国在多年的档案管理工作中，逐渐形成了与
文书档案、
科学技术档案并列的专门档案的概念，主要指会计、审计、 诉讼、公证、 艺术、教学、地名、标准、商标等专门业务活动中形成的具有特殊内容和形式的档案。各种专门档案都各有一定的特点，其归档范围、整理方法、保管期限和管理原则等各不相同。
国家档案局分别与国家各有关专业主管机关联合制定了管理各种专门档案的规章制度。1989年
档案出版社出版了
中国档案学会 文书处理和档案室学术委员会编写的《专门档案管理问答》( 第一辑)，回答了上述9种专门档案管理的295个问题。