汉藏教理院是中国近代佛教史上第—座汉藏并设、显密兼习的新型佛学院，它是近代佛教复兴与改革运动的产物。汉藏教理院由太虚法师1932年8月在重庆缙云山缙云寺正式创建。1936年7月，呈请四川省政府教育厅，正式立案。

1930年8月，太虚入川宏法，至重庆。适逢国民革命军第二十一军军长、四川军阀刘湘通令川东各地佛教会，选派僧侣入藏弘法，“以备沟通汉藏文化，联络汉藏感情”，太虚借此机会告以刘湘世苑之组织，并建议在重庆创立一所汉藏佛学院，“聘请汉藏讲师，招收汉藏青年而教之” 。由于获得刘湘、刘文辉、潘文华等川渝地方实力派的支持，汉藏教理院的建立水到渠成。1932年8月，汉藏教理院正式创建于重庆缙云山之缙云寺。 1936年7月，呈请四川省政府教育厅，正式立案。

在太虚的世界佛教运动中，实属世苑系统的，惟专门研究汉藏文佛学的汉藏教理院以及武昌佛学院改设的世苑图书馆。而世苑图书馆因1938年日寇侵入武汉而被迫停办，直到1946年才恢复。因此，在抗战时期汉藏教理院实为太虚推行世界佛教运动、推行佛教改革运动的“重镇”。

在太虚的佛教改革运动中，太虚以改进寺院僧众制度为主，即“中国向来代表佛教的僧寺，应革除以前在帝制环境中所养成流传下来的染习，建设原本释迦佛遗教，且适合现时中国环境的新佛教”。而改革寺院僧众制度，需要优秀的僧伽住持，因此太虚主要通过兴办僧伽佛学院、培养僧伽人才来实现。由太虚亲手创立、主持或讲过学的佛学院有武昌佛学院、闽南佛学院、柏林教理院、汉藏教理院等，汉藏教理院是太虚“世苑”中的一环，也是唯一落实太虚世苑理念的佛学院。

汉藏教理院一成立，即以“沟通汉藏文化、融合汉藏感情”为宗旨及奋斗目标。在汉藏教理院的开学典礼上，筹备主任何北衡、军部代表唐棣之、巴县县长冯钧逸、世界佛学苑筹备主任李子宽分别致辞，对汉藏教理院寄予了很大的期望。军部代表唐棣之一再强调了汉藏教理院肩负的“沟通汉藏文化、融合汉藏感情”的政治使命：

希望各学生一边努力探讨佛学，一边还得发愤研究藏情，将西藏佛法之真理与我们中国佛法之妙义，两两收摄，融合贯通，两方佛法既得着融通的机会，而研究两方面佛法的汉藏人士感情，也必随理智之暗示也圆融相恰了。既此一端，已足息吾川与西藏不少之纠纷，并少牺牲若干之生命。……研究藏文是属于佛学方面的，而因研究藏文所发之妙用（息争），即是属于政治一方面的了，于教于国一举两得。

世界佛学苑筹备主任李子宽在致辞上则把汉藏教理院肩负的使命从两个层面进行了阐述，并作了一个形象比喻：

汉藏教理院很要紧，而做汉藏教理院学生之责任也很大。一因川藏接邻的关系，一因世苑缺乏人才的关系。由头一点，学习藏文比学习英文还要来得重要，由后一点则培植世苑基本人才实为当务之急。贵院可以说就是造就世苑基本人才的制造局，融通汉藏佛教的交易所。子宽十二分的希望各位学习将这种伟大的担子放置各人肩膀上。

虽然在他们发言中，没有明确汉藏教理院的建院宗旨，但是却蕴涵了汉藏教理院所肩负的使命和学生应该承担的责任。

对于汉藏教理院的建院宗旨，各种历史文献在语言表述上不尽相同，如1944年5月汉藏教理院填报的《世界佛学苑概况报告表》称该院以“沟通汉藏文化，联络汉藏感情，发扬教义，巩固边陲”为主旨；如该院1936年6月填报的《世界佛学苑汉藏教理院简章》第一条及《世界佛学苑汉藏教理院院董会简章》第二条规定“本院以招收汉藏青年研究汉藏佛学，沟通汉藏文化，团结汉藏精神，巩固西陲边防，并发扬汉藏佛教，增进世界文化为宗旨”以及“旨在陶铸僧材，振兴佛法，研究汉藏教理，融洽中华国族，发扬汉藏文化，增进世界和平，以言振兴佛教也”；又如该院自称“沟通汉藏文化，团结汉藏精神，巩固西陲边防，保全中国领土”。

综合上述诸说，汉藏教理院肩负的重大使命可概括为“沟通文化”四字，这四字在上世纪三十年代以来就一直为汉藏教理院广大师生奉为圭皋，时论亦多赞许之或期许之，如三十年代后期，国民政府重庆行营参谋长贺国光、总参议夏斗寅访院即书赠“沟通文化”四字；国民政府教育部官员访院亦多以“沟通汉藏感情文化”之重责相期许。所以，汉藏教理院的历史使命概括为“沟通文化”四字，四字的主要内涵与核心宗旨可归纳为“研究汉藏佛理，发扬汉藏佛教，联络汉藏感情，融合中华民族，增进世界文化。”

对于太虚创建汉藏教理院，汉藏教理院教务主任法舫法师是这样理解的：西藏佛教传承了印度晚期的佛教，是最圆满的佛教，因此中国内地佛教“需要西藏佛教来补充”，而“太虚大师在武昌佛学院的时候，就见到这一点。最初，太虚的弟子，大勇法师和现在的法尊、严定、观空法师，到西藏去留学，也就是本着这个意义。学成回来，翻译中国所没有的经典，以补不足。汉藏教理院对中国佛教所负的责任，也就是这样。中国佛教所缺少的很多，不假翻译运载过来，是没有第二个方法，文化的沟通，也是由此的。”因此，汉藏教理院代表了以太虚为代表的近代佛教革新者，试图通过一个完整的机构来系统学习藏传佛教尤其是藏密，以寻找近代佛教的出路，完成佛教与近代社会的融合。